Главной святыней монастыря является икона основания - Образ Спаса Нерукотворного, перед которым святитель Алексий дал обет во время бури на строительство обители. Около восьми десятилетий образ считался утраченным, и только в 1999 году был обретен в запасниках Исторического музея в Новодевичьем монастыре. В настоящее время в Спасском соборе имеется список этой святыни. 

С возрождением прихода была обретена икона преподобных Андроника и Саввы Московских Чудотворцев. Настоятель собора протоиерей Вячеслав Савиных, просматривая в библиотеке Свято-Данилова монастыря рукописный журнал "Андрониковский сборник" конца 1920-х годов, нашел в нем фотографию той самой иконы с пометкой "Церковь Иерусалимского подворья". Автор "Сборников" священник Сергий Дубровин, впоследствии архимандрит Андроник, подписывал свои статьи как "Настоятель церкви Иерусалимского подворья". Настоятель Спасского собора и прихожане обратились в храм Воскресения Словущего Иерусалимского подворья на Арбате и в его хранилищах обнаружили икону первых игуменов Спасо-Андроникова монастыря. Скорее всего, отец Сергий в свое время спас не одну икону разоренной обители, перенеся их в храм Воскресения Словущего, который никогда не закрывался. 17 ноября 1996 года икону торжественно передали общине Спасского собора. После реставрации она заняла свое место в храме. 

В арках алтарных окон сохранились детали фресок времен преподобного Андрея Рублева.

Особенно следует отметить обретение шести святых мощей при раскопе в алтаре Спасского собора. В 1993 году при проведении строительных работ по устройству фундамента престола обнаружили основание древнего престола с частицей нетленных мощей в истлевшем деревянном ковчеге и две пары параллельных захоронений. Два гроба находились ближе к фундаменту северной стороны апсиды, а две выдолбленные колоды - ближе к фундаменту южной стороны. По свидетельству очевидцев о святости мощей свидетельствовало чудесное благоухание, которое при открытии колод волнами то появлялось, то исчезало. Люди, не знающие что за алтарной преградой в раскопе происходило открытие мощей, заметили благоухание у входа в храм и обратились к археологам с вопросом: "Какое масло вы там пролили?"

Вместе с мощами сохранились принадлежности монашеского облачения: параман (плетеный кожаный крест, опоясующий тело монаха), плесницы (кожаная обувь), кожаный пояс с металлической пряжкой.