Преподобный Мартиниан почитается как один из основателей Ферапонтова монастыря, хотя он был игуменом уже существующей обители. Основанный старцем Ферапонтом в 1398 году, монастырь через 10 лет остался без своего духовного руководителя. По настоянию можайского князя Андрея Дмитриевича, сына Дмитрия Донского, преподобный Ферапонт вынужден был покинуть Белозерье и отправиться в Можайск, где основал еще один монастырь, названный Лужецким. Там в 1426 году Ферапонт и закончил свой земной путь на 90-м году от рождения. Северная же обитель его, хотя и имела обещанную помощь от князя, но не имела достаточно опытного в духовных делах старца. Игумены менялись, их имена остались неизвестными, пока не пришел в монастырь по приглашению братии ученик преподобного Кирилла Белозерского - Мартиниан. С тех пор его имя вписалось в историю рядом с именем основателя. В древнее время монастырь называли также "Мартемьяновой обителью". Если преподобный Ферапонт происходил из боярского рода (в миру Федор Поскочин), то его последователь Мартиниан был уроженцем вологодской земли, из Сямской волости, что на западном берегу Кубенского озера. Сяма находится на середине пути от Вологды до Кириллова. В одно из сямских деревень Березняки в семье крестьян Стомонаховых родился в год основания Ферапонтова монастыря будущий его подвижник. "И нарекоша имя ему в святом крещении Михаил", рассказывается в Житии, составленном иноком Матфеем в середине XVI века. Отрока Михаила привели в монастырь к Кириллу Белозерскому для обучения грамоте, он же, увидев старца, пал ему в ноги, прося: "Возьми меня, господне, к себе". Преподобный Кирилл с радостью принял отрока, провидя его будущее и отдал "учити грамотныя хитрости" опытному учителю Олеше Павлову, монастырскому дьяку. Так начиналась монашеская жизнь преподобного Мартиниана.

Одним из послушаний новоначального инока была переписка книг. На Канонике 1422 года из библиотеки Кирилло-Белозерского монастыря, хранящемся ныне в Русском музее, стоит подпись переписчика: "Мартиньяна инока - лжею инока, а не истинною". Лжеиноком называл себя молодой монах Мартиниан, имея подлинное смирение. Основатель библиотеки Ферапонтова монастыря, Мартиниан стал одним из виднейших просветителей своего времени, его перу принадлежит несколько книг, две рукописи находятся в С.-Петербурге в национальной библиотеке. Кратко главные вехи деятельности преподобного Мартиниана можно изложить так: основатель Вожеезерского Спасского монастыря (ок. 1427 г.), игумен (ок. 1435-1447 гг.) и строитель (1455-1480 гг.) Ферапонтова монастыря, игумен Троице-Сергиевой лавры (1447-1455 гг.). Но за этими датами стоит долгий и богатый событиями монашеский подвиг старца, прожившего 85 лет, 70 из которых - в монашестве.

Его судьба переплелась с судьбами многих выдающихся людей своей эпохи: преподобного Кирилла Белозерского, великого князя Василия II, Вассиана (Рыло), сменившего его на игуменстве в лавре преподобного Сергия и прозванного так за любовь к рытью прудов. В числе наиболее знаменитых учеников Мартиниана были архиепископ Ростовский Иоасаф, игумен Филофей, ставший епископом Пермским, юродивый Христа ради Галактион, Когда Пахомий Серб, или Логофет ("логофет" с греч. - казначей), инок Афонского монастыря, отчего имел также прозвище Святогорец, составлял Житие преподобного, жил в его келье, был свидетелем многих чудес, а также отеческих наставлений старца. Кирилл наставлял братию, готовя каждого к самостоятельному монашескому подвигу, к духовной зрелости, заботясь о возрастании их в молитвенных трудах, о преуспеянии в главных добродетелях - смирении, послушании и покаянии. Не преминул Мартиниан поведать Пахомию один случай о том, как его направлял Кирилл в соблюдении устава: "Некогда случися единому брату, именем Мартиниану, от трапезы исшедшу, пойти к другому брату некия ради потребы". Увидев это, преподобный призвал его к себе и спросил, зачем он хотел идти в чужую келью. Не мог ли он пойти сначала в свою келью и прежде "должную молитву сотворить"? Мартиниан же, улыбнувшись, сказал: отче, когда приду в келью мою, уже не могу выйти. Кирилл же ответил: так и делай всегда, иди сначала к себе, и келья всему доброму научит тебя. 

В житии самого Мартиниана тоже есть одна подробность о духовном наставничестве Кирилла: Мартиниан просил разрешить ему в трапезе пост больший, нежели для всей братии. Кирилл же не попустил ему, а повелел есть с братией, но не до сытости. В этом проявлялось напоминание преподобного Кирилла об осторожности в монашеских обетах - не брать на себя много, дабы не отступить потом. Но более всего имел влияние на братию пример самого Кирилла - великого подвижника и аскета.

После преставления преподобного Кирилла Мартиниан ушел из монастыря за 100 верст на озеро Воже, где уединился на пустынном острове, там он положил начало новому - Спасскому монастырю. После пришел в Ферапонтов монастырь и по зову братии через некоторое время стал здесь игуменом. Был он на игуменстве несколько лет. Затем события, охватившие великокняжеский двор, повлияли и на его судьбу. 

Василий II, свергнутый двоюродным братом Дмитрием Шемякой, был им ослеплен, почему получил прозвище Темного, и сослан в Углич. Шемяка вскоре посетил князя Василия, дал ему в удел Вологду, связав клятвою не выступать против него. Потом Василий Темный отправился на богомолье в Белозерье. Хотя он должен был считаться опальным удельным князем, в белозерских монастырях его принимали с большим почетом, как великого князя Московского и всея Руси. Преподобный Мартиниан встретил его с великой честью и "благонадежна сотвори его утешительными словесы, благословляет его и повелевает идти проживу". То есть происходит совершенно необычайное событие: клятва, данная князем Шемяке, скрепленная крестным целованием в том, что он не поднимется на борьбу за освобождение престола, была снята с Василия преподобным Мартинианом и игуменом Кириллова монастыря Трифоном. 

Шемяка, не поддержанный церковью, потерял сторонников и бежал из Москвы в Галич, затем в Новгород, где "смерть бедную прият", отравленный своим поваром, как написано в Житии Мартиниана. Когда князь Василий вновь занял московский престол, то призвал Мартиниана в Москву - дать согласие на игуменство в Троице-Сергиевом монастыре. "И тамо, у Живоначальныя Троица много послужили и многия труды показа". Он был игуменом в лавре и духовным отцом великого князя.

В Житии содержится рассказ о бесстрашии Мартиниана перед лицом князя в заступничестве за правду. Однажды Василий II обратился к преподобному с просьбой уговорить боярина, бежавшего к Тверскому князю, вернуться. Мартиниан вернул боярина, взяв на себя поручительство, но Василий велел заковать его. Узнав об этом, Мартиниан сел на коня и поскакал спешно в Москву, явился к князю и сказал с гневом: "Почто еси душу мою грешную продал и послал еси в ад? Почти еси болярина того, иже мною призванного душею моею, оковати повелел и слово еси свое преступил? Не буди мое, грешнаго, благословение на тебе и на твоем княжении!", - и тут же покинул княжеский дом и Москву. Потеря благословения Мартиниана означала очень многое, князь хорошо помнил, чем это обернулось для Шемяки и "убоялся Бога". Василий II тотчас снял опалу с боярина и отправился в лавру с покаянием. Игумен с честью встретил его, благословил и сам у князя прощения просил за свое дерзновение, показав тем пример незлобия и смирения.

Восемь лет преподобный Мартиниан управлял в лавре, но все чаше задумывался над возвращением в Ферапонтов монастырь. В 1455 году он созвал собор, дал братии наставления и удалился вновь в родные северные места на Белозерье. Стать игуменом Мартиниан отказался, был строителем. При нем братия построила в 1460 году новую деревянную церковь Рождества Богородицы. Возле нее и похоронили преподобного в 1483 году, а через 30 лет произошло обретение его мощей. Описание этого события есть в Житии, а также на деревянной резной раке, стоявшей над захоронением. Раки, или гробницы, устанавливали только почитаемым святым. Сохранившаяся рака относится к середине XVII века, когда была построена каменная церковь-усыпальница Мартиниана.

В церкви, кроме погребения самого преподобного, находится погребение его ученика Иосафа, архиепископа Ростовского, при захоронении которого произошло обретение мощей Мартиниана. Ростовского владыку Иоасафа хотели положить у ног учителя. Отгребая землю, монахи откопали гроб Мартиниана и освидетельствовали его мощи, как нетленные. Житие имеет в конце записи о чудесах исцеления многих болящих от различных недугов, происходивших у гроба святого. Ко времени его канонизации в середине XVI века в Житие было включено девять чудес, в дальнейшем эти заповеди продолжались вплоть до XX века. В связи с 400-летием открытия мощей преподобного Мартиниана в 1913 году в монастыре проходила одна из самых торжественных служб. Это было время возрождения монастыря, упраздненного в 1798 году. Возобновленная в 1903 году как женская, обитель просуществовала всего 20 лет и была закрыта в первые послереволюционные годы. Последней игуменией была Мартиниана, постриженная в честь преподобного Мартиниана.