К особым святыням обители относится ковчег - мощевик с частицами Ризы Господней, Ризы Божией Матери, частицами мощей святых апостолов, вселенских и русских святых, среди которых – апостол и евангелист Марк, апостол Варнава, святители Иоанн Златоуст и Спири
Икона с частицей мощей святого преподобного Ферапонта Можайского
В женском монастыре во имя святой преподобномученицы Великой княгини Елисаветы Феодоровны в городе Алапаевске хранится икона с частицей святых мощей преподобного Ферапонта Можайского.