10 июля 1874 года, в день памяти святого Антония Печерского, игумения Арсения начала рыть пещеры. Пещеры, которые игумения рыла по ночам, изображают последние дни земной жизни Спасителя, его Крестный путь, а также путь Божией Матери к Голгофе. Главный ход пещер назван самой игуменией «Крестным путем Спасителя», другая часть пещер (она идет вокруг главного) — «Страстным путем Божией Матери». Пещеры игумения Арсения рыла с духовными дочерьми — монахинями Никодимой, Агнией и Викториной. В пещерах Арсения намеревалась создать пещерный храм, но не успела. В 30-х годах XX века пещеры были засыпаны, но через сорок лет местные жители раскопали заваленные входы.

Существует иная версия возникновения пещер. Пещеры были вырыты задолго до игуменьи Арсении. Место для строительства храма Казанской иконы Божией Матери было выбрано над входом в пещеры. Игумения Арсения укрепляла своды, стены и кирпичный пол пещер.

Вход в пещеры расположен в притворе церкви Арсения Великого (нижней части Храма Казанской иконы Божией Матери), общая длина их около 165 метров. Паломников допускают только в основной ход в пределах примерно 50 метров. Температура в пещерах зимой и летом примерно плюс 8 градусов.

Камень

Главной святыней подземных ходов является каменная плита, на котором оставлены отпечатки рук и ног игумении Арсеньи. По преданию, игуменья Арсенья молилась на нём, и ей явилась Матерь Божья. Монахини монастыря настаивают на том, что на камне отпечатки рук и ног оставила Богородица. Город Серафимович расположен вдали от федеральных трасс и крупных городов. Несмотря на это, вера в чудодейственные силы земного свидетельства присутствия Матери Божьей — каменной плиты, привлекают в монастырь большой поток паломников.