История Троицкой церкви в нагорной части г.Верхнеудинска начинается в 1772 г., когда, в соответствии с императорским указом, было велено устраивать кладбища за пределами жилых кварталов. Кладбищенская церковь вначале была деревянная, затем, в течение 1798 – 1809 гг., построили каменную. Храм Святой Троицы освятили в 1816 г., северный придел Покрова Божией Матери в 1818 г., южный придел святителя Иннокентия Иркутского – в 1856 г.

Старинные фотографии Верхнеудинска наглядно показывают, что одним из самых замечательных архитектурных строений уездного центра была Троицкая кладбищенская церковь. Это сегодня с большинства ракурсов она закрыта многоэтажными домами. А два столетия тому назад (и до середины XX века) величественный силуэт храма возвышался на пустынном косогоре. От центральной площади Верхнеудинска вел Нерчинский (Московский) тракт, огибая стороною городское кладбище. В центре его и возвышалась Троицкая церковь, одна из высотных доминант Верхнеудинска.

Архитектура Свято-Троицкой церкви своеобразна, в ней много общего с более ранними православными храмами Забайкалья. Черты сходства четко прослеживаются в ярусной обработке центральной главы, главок алтаря и приделов. В них нашли отражение традиции, восходящие к культовому зодчеству Северо-Восточной Руси XVIII в. с его своеобразной трансформацией барочных элементов. Завершение колокольни сочетанием купола и шпиля также является вариантом ставших традиционными образов ранней церковной архитектуры. В трактовке деталей фасадов соседствуют формы провинциального барокко и наивного классицизма. Главное достоинство Свято-Троицкой церкви заключается в стройности и изяществе, усиленное выигрышным местоположением на возвышенной части центра города Верхнеудинска. Габариты всего здания храма составляют 24.40 х 40.20 метров. Начинал строительство храма верхнеудинский купец Василий Пахолков, а завершал его купец Афанасий Налетов.

В 1929 г. после закрытия Одигитриевского собора его штат и община перешли в Троицкую церковь, до того времени бесприходную. В 1930-31 гг. священнослужители храма подверглись жестоким преследованиям. К 1932 г. все храмы в Бурятии были закрыты, и уцелевшие священнослужители приходили в Троицкий храм.

История закрытия Свято-Троицкого храма — последнего в г.Улан-Удэ и республике — хорошо изложена в Постановлении Президиума Верховного Совета БМАССР от 27 мая 1940 года.

«Президиум Верховного Совета Бурят-Монгольской АССР отмечает неоднократные в течение последних двух лет ходатайства общих собраний рабочих и служащих учреждений, предприятий и общественных организаций г. Улан-Удэ о закрытии православной (кладбищенской) Троицкой церкви в г. Улан-Удэ, так как здание ее рационально не используется, ибо количество верующих, посещающих эту церковь для удовлетворения религиозных потребностей значительно уменьшилось: только за 1940 г. внесено 62 решения с участием граждан, 5163 чел.

Президиум отмечает, что Религиозное общество православной Троицкой церкви в г.Улан-Удэ не было регистрировано в порядке, установленном постановлением ВЦИК и СНК от 8 апреля 1929 г. “О религиозных объединениях” с последующим изменением, принятым ВЦИК и СНК от 1 января 1932 г., вследствие чего, руководствуясь ст. 34 и 35 указанного постановления, исполкомом Улан-Удэнского городского совета депутатов трудящихся было вывешено 21 апреля 1940 г. объявление на дверях молитвенного здания с условиями, предусмотренными ст. 27-33 поименованного постановления, но по прошествии недели со времени объявления поступило только 9 заявлений граждан, желающих взять на указанных основаниях в пользование для удовлетворения своих религиозных потребностей здание и имущество культа, руководствуясь ст. 35 постановления ВЦИК и СНК от 8 апреля 1929 г., исполком Улан-Удэнского городского совета депутатов трудящихся 10 мая 1940 г. вынес решение о закрытии православной Троицкой церкви в г.Улан-Удэ. В силу изложенного, президиум Верховного Совета БМАССР постановляет.

1. Решение исполкома Улан-Удэнского городского совета депутатов трудящихся «О закрытии православной (кладбищенской) Троицкой церкви в г.Улан-Удэ» утвердить.2. Православную Троицкую церковь в г.Улан-Удэ закрыть, а здание передать исполкому Улан-Удэнского городского совета депутатов трудящихся для использования под культурные нужды.

После закрытия храма в 1940 г. (последним из храмов Улан-Удэ) здесь находился склад кинопроката. Затем, после уничтожения кладбища и создания горсада, к алтарю церкви пристроили танцплощадку. Планировалось создать музей архитектуры, но в итоге храм оставили в бесхозном состоянии.

С лета 1990 года члены православной общины и представители общественности начали ремонтные и реставрационные работы. Храм передан Русской Православной Церкви постановлением Совета Министров Бурятской АССР за № 6 от 18 января 1988 г. и приказом по Министерству культуры РБ за № 137 от 15 июня 1991 г. Первое богослужение было проведено 28 декабря 1991 г., когда освятили северный придел в честь Покрова Божией Матери. Первый двухметровый крест был установлен на храме в 1992 г. в канун Пасхи. Новый набор из девяти колоколов улан-удэнцы впервые услышали 14 сентября 1994 г. Изначально Троицкая церковь имела всего 5 колоколов, причем вес самого большого из них был всего 32 пуда.

Храм стал центральным в республике: здесь располагалось управление Бурятским благочинием Читинской и Забайкальской епархии. В 1996 г. территория горасада (бывшего кладбища) была возвращена храму. 9 декабря 2000 года, Преосвященнейший Евстафий, епископ Читинский и Забайкальский, освятил придел во имя святителя Иннокентия Иркутского. 2 марта 2002 года было совершено великое освящение главного престола церкви полным архиерейским чином.

В 2009 г. была образована Улан-Удэнская епархия, управление которой расположено при Одигитриевском кафедральном соборе, где уже несколько лет располагалась канцелярия Бурятского благочиния Читинской епархии. Троицкий храм остается важным административным и духовным центром епархиального града, планируется дальнейшее развитие инфраструктуры прихода в интересах всей епархии.

Останки из захоронений на территории храма, потревоженные в результате различных земляных работ, в настоящее время собраны в часовню-склеп. После завершения благоустройства планируется открыть эту мемориальную часовню для общего доступа – заупокойного богослужения и молитвенного поминовения всех, покоящихся на старом городском кладбище.