Мощи самого многотрудного настоятеля монастыря (он настоятельствовал 40 лет),  архимандрита Игнатия (Малышева) покоятся в Храме прп.Сергия Радонежского, который он строил и украшал до последних своих дней.

АРХИМАНДРИТ ИГНАТИЙ (МАЛЫШЕВ).

Архимандрит Игнатий, в миру Иван Васильевич Малышев, родился полумёртвым, а в семь лет, упав с дерева, так разбил голову, что ночь был без признаков жизни. С ранних лет он имел стремление к уединению, любил посещать храмы. Получив домашнее образование, в 12 лет был привезён родителями в Петербург в дом купца П. В. Лесникова, где уже находился его старший брат Макарий, впоследствии схимонах Сергиевой пустыни.

Через год он был переведён в другой купеческий дом, где пробыл шесть лет; затем был сделан приказчиком Лесникова. В это время у него появилась мысль о монастыре. В декабре 1833 года Иван Васильевич познакомился с Игнатием Брянчаниновым и сразу же был принят в число братства Троице-Сергиевой пустыни.

В январе 1834 года Иван Васильевич Малышев вместе с архимандритом Игнатием и Михаилом Чихачевым приехал в Пустынь и здесь начал свой духовный подвиг. Архимандрит Игнатий (Брянчанинов) оставил Ивана Васильевича у себя келейником, приучая его к усердному и безропотному исполнению послушаний. Когда обнаружилась его склонность к рисованию, Игнатий Брянчанинов предложил ему учиться в академии художеств. Здесь он учился, как сам свидетельствует в автобиографии, у М.И Скотти, К.П.Брюллова, А.Е.Егорова. В это же время проявилась его твёрдость в вопросах веры — в спорах с А.Г.Ухтомским о монашестве.

В 1840 году И. В. Малышев был пострижен в рясофор с именем Игнатий; в 1842 году — в мантию, с тем же именем; в 1844 году — стал иеромонахом.

В 1848 году скончалась мать Игнатия (Малышева). К этому времени в Пустыни уже находились его два брата: старший — Макарий и младший — Пётр, впоследствии иеромонах Платон, ризничий Пустыни.

В 1854 году иеромонах Игнатий был назначен главным распорядителем перестройки церкви преподобного Сергия. По настоянию Игнатия главный иконостас был сделан по рисунку А.М.Горностаева из порфира, мрамора, малахита, лазурита и полудрагоценных камней. При этом Игнатий не пожалел расстаться с картиной К. Брюллова (ракурс плащаницы).

15 (27) апреля 1857 года Игнатий Малышев был назначен наместником Пустыни. Через несколько месяцев архимандрит Игнатий Брянчанинов был хиротонисан во епископа, а в настоятели Пустыни он рекомендовал её наместника. Указом Священного Синода за № 761 от30 октября (12 ноября) 1857 года настоятелем Троице-Сергиевой пустыни был назначен Игнатий (Малышев). 17 (29) ноября 1857 года, в Казанском соборе, он был возведен в сан архимандрита.

Много сделал архимандрит Игнатий (Малышев) для обители за 40 лет своего служения в качестве настоятеля Троице Сергиевой Пустыни (1857—1897). Если предыдущий настоятель (1834—1857) Игнатий (Брянчанинов), отдал много сил на воспитание монастырской братии, то его преемник, сохранив и преумножив духовные богатства монастыря, украсил внешний вид Сергиевой Пустыни архитектурным ансамблем. На территории монастыря действовали семь храмов: Пресвятой Троицы, преподобного Сергия Радонежского, Воскресения Христова, священномученика Валериана (Зубовская), святителя Григория Богослова (Кушелевская), Покрова Пресвятой Богородицы (Кочубеевская), священномученика Саввы Стратилата (Шишмаревская), и часовни: Покровская и Спасская — у монастырских ворот, Тихвинской Божьей Матери (с чтимым образом), Рудненская — на берегу пруда «Иорданка» в восточной части обители.

Хорошая организация жизни и хозяйства монастыря при архимандрите Игнатии позволила осуществлять широкую благотворительную деятельность. С 1866 года на содержание Санкт-Петербургской духовной семинарии и духовного училища Пустынь ежегодно жертвовала по 1 000 рублей. Благотворительная деятельность Пустыни уже в семидесятых годах стала известна и за границей. Узнав о строительстве нового храма в Сараево (Босния), архимандрит Игнатий пожертвовал туда весной 1871 года иконы для иконостаса в количестве 73-х, запрестольный крест и хоругви. В написании икон более 2 лет участвовали сам настоятель и монастырские художники (иногда указывается, что иконы писались для храма Воскресения Христова построенного (1872—1876) по проекту архитектора А.А.Парландана в самом монастыре). Благотворительную деятельность архимандрита Игнатия оценили и Россия — пожалован орден Святого Владимира, и Босния — Черногорский князь Николай прислал ему орден Святого Даниила 2-й степени.

В 1875 году архимандритом Игнатием было завершено жизнеописание русских святых тысячелетия России, расположенного по векам.

В войну с Турцией в 1877—1878 годы, по предложению настоятеля в Сергиевой пустыне была устроена больница с церковью, освященной 29 января (10 февраля) 1878 года.

В 1881 году архимандрита Игнатия удостоили звания почетного вольного общника Академии художеств. Во время проведения второго конкурса по храму в память убитого Александра II «вдруг его осенила мысль начертить проект», и следом явилась уверенность, «залог внутренний», что именно его предложение будет принято. Для разработки проекта Игнатий обратился к А.А.Парландану, которого близко знал по совместным работам в Троице-Сергиевой пустыни. Проект Альфреда Парланда и архимандрита Игнатия (Малышева) был одобрен императором Александром III 29 июля (10 августа) 1883 года с условием его последующей доработки. Строительство храма длилось 24 года; в основание его положили гравировальную доску с надписью, свидетельствовавшей об авторстве архимандрита Игнатия; освящён он был 6 (19 августа) 1907 года, через 10 лет после смерти одного из авторов.

В 1882 году в связи с 25-летием настоятельства архимандриту Игнатию был пожалован орден Святой Анны 1-й степени.

Незадолго до предсмертной болезни один из учеников Игнатия напомнил ему о приближении 40-летия настоятельства, на что последовал ответ:

«Как бы не было со мной, как с охотниками на медведей: 39 убьёт, а с сороковым не сладит».

Скончался архимандрит Игнатий 16 (28) мая 1897 года (а 15-го вечером, по старому стилю, его посетил Иоанн Кронштадский) и был погребен в Пустыни, в храме Воскресения Христова. В настоящее время его останки покоятся в храме преподобного Сергия, куда они были перенесены в год столетия со дня его преставления.