Начало Свято-Троицкому Серафимо-Дивеевскому женскому монастырю было положено в середине XVIII века. Около 1758 года прибыла в Киев богатая рязанская помещица Агафья Семеновна Мельгунова. В молодых годах (менее 30 лет) она лишилась мужа и решила посвятить свою жизнь Богу. В Киево-Флоровском монастыре она приняла монашеский постриг с именем Александры и проводила жизнь в посте и молитве под руководством старцев Киево-Печерской Лавры. Однажды после долгого полунощного молитвенного бдения матушка Александра сподобилась видеть Пресвятую Богородицу и слышать от Нее благословение основать новую обитель.

С благословения старцев Киево-Печерской Лавры, признавших видение истинным, мать Александра отправилась странствовать по России. Путь ее лежал в 1760 году к одной из знаменитых русских обителей — Саровскому монастырю. По совету саровских старцев мать Александра поселилась вблизи Дивеева в деревне Осиновка. После смерти единственной дочери она продала все свои имения и окончательно переселилась в Дивеево. Сначала она благоустроила в Дивееве старинную деревянную церковь. В 1773-1780 годах ее усердием была сооружена каменная Казанская церковь с приделами во имя святителя Николая и первомученика архидиакона Стефана. Как и все в Дивееве, первая церковь новой обители была построена матушкой Александрой по благословению Царицы Небесной.

В конце жизни матушка Александра стала устраивать общину, чтобы исполнить указание Божией Матери. В 1788 году местная помещица госпожа Жданова, услышав об обители, обетованной свыше матери Александре, пожертвовала ей 1300 кв. сажен (полдесятины) своей усадебной земли. Преподобная Александра построила на этой земле три кельи с общей оградой. Одну заняла сама, в другой пригласила жить трех послушниц, а третью предоставила для паломников, идущих в Саров. Жила община по строгому Саровскому уставу. Наставником сестер был саровский старец Пахомий. Пища привозилась один раз в сутки с саровской трапезы.

Сестры шили, вязали для саровской братии, вели жизнь нестяжательную, в трудах и молитвах.

В 1789 году матушка заболела и по ее желанию была пострижена в схиму. Через несколько дней ее навестили Саровский строитель иеромонах Пахомий с казначеем иеромонахом Исаией и иеродиаконом Серафимом, бывшие в Дивееве проездом. Получив извещение от Господа о скорой кончине, она умоляла отцов-подвижников позаботиться об обители, обетованной ей Царицей Небесной. Ссылаясь на свой преклонный возраст, строитель Пахомий указал ей на молодого иеродиакона Серафима, известного своей духовностью. Матушка Александра просила отца Серафима заботиться об обители, как Сама Царица Небесная изволит его на то наставить.

Преподобная Александра отошла ко Господу 13/26 июня 1789 г., оставив сестер на попечение старцев Саровской обители. В день ее похорон шел такой проливной дождь, что ни на ком не осталось сухой нитки, но отец Серафим по своему целомудрию не согласился даже обедать в обители и тотчас после погребения ушел пешком в Саров. С тех пор он никогда более в Дивеевской обители не бывал.

В 1793 году отец Серафим был рукоположен в сан иеромонаха. Вскоре после кончины старца Пахомия, который передал отец Серафиму заботу о Дивеевской обители, подвижник удалился в Саровский лес.

К 1825 году Казанская община, основанная матушкой Александрой, к этому времени разрослась: число сестер в ней достигло 50. Строгий устав, скудная пища, тяжелые работы и ежечасное молитвенное правило были не под силу многим из поступавших в обитель сестер (принимались и девицы, и жены, и вдовы). Преподобный Серафим просил Ксению Михайловну Кочеулову, бывшую тогда начальницей, смягчить строгость устава, но она не согласилась.

22 декабря 1826 года состоялась закладка мельницы на месте, указанном преп. Серафиму Царицей Небесной. Новая общинка стала называться Мельничной. Сестры должны были вести строгую жизнь и кроме духовных подвигов заниматься физическими трудами. Жизнь в Мельничной общинке походила на апостольские времена единством духа любви ко Христу, Царице Небесной и преподобному Серафиму, взаимной любовью между сестрами. Все было общее, хотя жили бедно и питались скудно.

После смерти преподобного Серафима Мельничная девичья обитель самостоятельно просуществовала всего десять лет. В 1862 году община была возведена в монастырь и игуменьей была назначена Мария (Елисавета Алексеевна Ушакова).