Главной святыней Михеевской церкви являются покоящиеся в ней под спудом мощи преподобного Михея. 

Преподобный Михей Радонежский был одним из первых учеников преподобного Сергия Радонежского, жил с ним в одной келлии и под его руководством достиг духовного совершенства. За кротость души и чистоту сердца преподобный Михей при жизни удостоился быть свидетелем явления Божией Матери своему великому наставнику.

Однажды преподобный Сергий, совершив молитвенное правило, сел немного отдохнуть, но вдруг сказал ученику: "Бодрствуй, чадо, мы будем иметь чудное посещение". Едва произнес он эти слова, как был услышан голос: "Пречистая грядет". Внезапно засиял свет ярче солнечного, преподобный Михей пал ниц на землю и от страха он лежал как бы мертвый. Когда преподобный Сергий поднял своего ученика, тот спросил: "Скажи мне, отче, что это за чудное видение? От ужаса душа моя едва не разлучилась от тела". Тогда преподобный Сергий рассказал своему ученику о явлении Пресвятой Богородицы.

Святой Михей преставился к Богу в 1385 году. Празднование памяти преподобного Михея совершается 6 мая.

10 декабря 1734 года над местом погребения преподобного Михея освящена церковь в честь явления Пресвятой Богородицы со святыми Апостолами Петром и Иоанном Богословом преподобному Сергию Радонежскому.