Главной святыней Никольского монастыря является список Козельщанской иконы Божией Матери, установленный над Царскими вратами Никольского храма. Эта икона была келейной иконой игумений Козельщанской обители. Игуменья Феофания (Зонова), последняя настоятельница Козельщанского монастыря, незадолго до своей смерти передала эту икону на хранение архимандриту Антонию (Кузнецову), который был преданным почитателем этого образа. 19 февраля 1997 года в Никольском монастыре было учреждено пение акафиста в честь Козельщанской иконы Божией Матери за вечерним богослужением еженедельно по средам.

В монастырской летописи под 9 июня 1999 года есть запись: «В сей день рачением настоятеля – отца архимандрита Антония, в иконостасе над Царскими вратами была устроена Козельщанская икона Божией Матери, спускаемая для поклонения». С этого времени на вечерних службах каждую среду, субботу и воскресенье, а также после воскресной поздней литургии, Козельщанская икона опускается для поклонения верующих. Многие богомольцы из усердия, по обету или в благодарность за исцеления жертвуют на икону различные украшения.

Каждый воскресный вечер в Никольском монастыре совершается вечернее богослужение с пением акафиста святителю Николаю. Во время этого богослужения для верующих выносится икона святителя с частицей мощей. Эту частицу передали монастырю известные церковные благотворители братья Сергей и Петр Короткевичи 19 ноября 2006 года.

Чтимыми святынями обители также являются икона с частицами мощей Оптинских старцев и образ святого праведного Иоанна Кормянского с частицей мощей святого.