«Святой апостол Андрей есть первый архиепископ Константинопольский, патриарх вселенский и апостол Русский, и на Киевских горах стояли ноги его, и очи его Россию видели и уста благословили» — засвидетельствовал определением своим Киевский Собор 1621 года.

На заре великих деяний своих, царь Пётр I, почитавший святого Апостола Андрея своим небесным покровителем, в 1698 году учредил орден Андрея Первозванного, высшую награду России, а в 1699 году — военно-морской Андреевский флаг.

В день Святой Троицы 16 (27) мая 1703 года Пётр Великий основал Санкт-Петербург, заложив в основание крепости золотой ковчег с мощами святого апостола Андрея. Центр новой столицы царь замыслил создать на Васильевском острове, наметив у здания Коллегий соборную церковь ордена Андрея Первозванного.

За год до своей кончины, в 1724 году, император Пётр заказал известному шведскому архитектору Никодемусу Тессину-младшему проект Андреевской церкви, которую предполагали поставить на стрелке Васильевского острова. Тесину поставили условие: храм должен был напоминать римскую базилику Св. Петра и иметь 427 футов (130 м) в длину. Тессин принял предложение и в 1725 году, не приезжая в Россию, предоставил проектные чертежи церкви. Была изготовлена ее модель, но осуществить замысел не удалось из-за внезапной кончины царя.

Православные жители Васильевского острова первое время молились в маловместительной деревянной церкви Воскресения Словущего при Меншиковском дворце, которая, однако, не могла вместить всех прихожан. В 1725 году они, скорбя, что «не сподобляются слышать христианского священнослужения», просили разрешения выстроить для себя приходской храм.

Для строительства новой церкви был предоставлен участок рядом с домом А.И.Троекурова на углу Большого пр. и 6 линии у канала (впоследствии засыпанного), где по первому утверждённому плану 1715 года предполагалось устройство площади.

В январе 1727 года императрица Екатерина I «первейшая Великая Магистра ордена святаго Апостола Андрея кавалеров Российских» именным указом распорядилась отпустить из казённых средств три тысячи рублей для возведения церкви святого апостола Андрея Первозванного и обратилась с «Увещанием к доброхотному подателю» о сборе средств на строительство.

Проект выполнил архитектор Джузеппе Трезини, под его надзором производились подготовительные работы и расчистка участка от леса.

В 1729 году архиепископ Нижегородский Питирим освятил закладку храма. Через год строительство завершили вчерне. В январе 1731 года священник Тимофей Семёнов обратился в Святейший Синод с прошением о выдаче в новопостроенную церковь антиминса, об её освящении и учреждении при ней кладбища.

В 1732 году Святейший Синод постановил, что так как в Петербурге не имеется церкви во имя св.ап.Андрея Первозванного, а в Российской империи кавалером Андреевского ордена императрица Анна Иоанновна быть изволит и по Её указу многие знатные особы, министры, генералитет и придворные чины кавалерства ордена этого удостоены, и в церемониальном чиноположении объявлено, что в день того Апостола, 30 ноября, бывает публичное торжество, то «и прилично Святейшему Синоду освятить её во имя св. апостола Андрея Первозванного».

8 октября 1732 года сподвижник Петра I архиепископ Новгородский и Великолукский Феофан Прокопович освятил церковь во имя святого апостола Андрея «для торжества и празднества кавалеров Андреевского ордена». Иконостас в неё перенесли из домовой церкви князя Меншикова, средства на облачения и утварь пожертвовала императрица Анна Иоанновна. Во исполнение завета Петра Великого о создании центра С.-Петербурга на Васильевском острове, с Петербургской стороны в Андреевскую церковь одно время предполагали передать чудотворную икону Казанской Божией Матери.

В первые годы при храме имелось небольшое кладбище, где, по преданию, похоронены известный государственный деятель петровской эпохи кн. Я.Ф.Долгорукий, невеста императора Петра II кн. Е.К.Долгорукая, знаменитый изобретатель и сподвижник Петра I А.К.Нартов.

В ноябре 1733 года жители Васильевского острова указом духовного правления приписаны в приход Андреевской церкви. Храм посещался знатными особами, в нём было установлено царское место.

С течением времени маловместительный и неотапливаемый деревянный храм перестал удовлетворять нуждам значительно увеличившегося населения Васильевского острова. По просьбам прихожан последовал указ императрицы Анны Иоанновны о позволении построить рядом с Андреевской церковью, на её участке, тёплый каменный храм, закладка которого состоялась 2 июля 1740 года по плану Дж. Трезини. В 1745 году церковь построили и в ней начались богослужения, освящение её состоялось лишь в 1760 году во имя Трёх Святителей Вселенских.

4 февраля 1744 года указом императрицы Елизаветы Петровны церкви св. ап. Андрея Первозванного присвоен статуса собора, а его настоятеля возвели в сан протоиерея.
30 июля 1745 года при торжественном богослужении в соборе приносили присягу профессора Санкт-Петербургской императорской Академии наук Михаил Васильевич Ломоносов и Василий Кириллович Тредиаковский.

По старинному преданию в средине XVIII века хором Андреевского собора управлял придворный певчий Андрей Фёдорович Петров, по внезапной кончине которого, молодая вдова его Ксения назвалась именем усопшего мужа своего, облачилась в его одежду, раздала имущество и приняла подвиг юродства. (Святая блаженная Ксения Петербургская канонизированна в 1988 году.)

Во время грозы 4 июля 1761 года деревянный Андреевский собор сгорел в результате попадания молнии.

Новый каменный храм заложен 18 июля 1764 года по проекту архитектора Александра Францевича Виста. Началось строительство, но после того как 6 августа 1766 года во время сооружения свода неожиданно рухнул купол, зодчего посадили под арест. После разбирательства причин обрушения архитектора оправдали, а строительство, сильно затянувшееся, было продолжено. По некоторым сведениям в нём принимал участие архитектор А. А. Иванов, выпускник Академии художеств.

21 марта 1780 года новопостроенный собор был освящен. В 1797 году повелением императора Павла I Андреевский собор назначен орденским, капитульным, в связи с чем над входом установили барельеф с изображением ордена Андрея Первозванного, несомого двумя ангелами.

После освящения храм продолжали расширять и украшать. В 1798 году внутри собора исполнена лепка и выстроена ограда с часовней, в 1813 году интерьер храма заново расписан.

На колокольне собора имелось 10 колоколов. Большой воскресный колокол весом 258 пудов и меньший, полиелейный, весом 129 пудов отлили для храма в 1806 году в Москве на заводе Николая Самгина. Вседневный колокол был отлит в 1796 году на Валдае.

В 1825-1829 гг. настоятелем Андреевского собора был протоиерей Герасим Петрович Павский, профессор С.-Петербургской духовной академии, профессор кафедры богословия С.-Петербургского университета, выдающийся филолог и гебраист, известный деятель Библейского общества и один из первых переводчиков Священного Писания на русский язык. В 1826 году протоиерей Герасим Павский назначен законоучителем к наследнику цесаревичу Александру Николаевичу (будущему императору Александру II), в 1829 году переведён ко двору.

В 1834 году в храме устроили отопление. В 1848-1850 гг. по проекту архитектора Н.П.Гребенки осуществлена пристройка боковых приделов. придел освятили во имя Успения Божией Матери, северный во имя Свят. Николая. В 1850 году главы собора и колокольню покрыли новым железом и позолотили на средства купцов В.А.Фролова и А.И.Тименкова, одновременно был изменен верх колокольни.

Кроме часовни в ограде, к храму была приписана часовня Святителя Николая на Благовещенском (с 1855 — Николаевском) мосту через Неву. Заложена она в мае 1853 года по проекту арх. А.И.Штакеншнейдера на северном быке моста, близ въезда с Васильевского острова, и освящена ровно через год. Внутри часовни был установлен мозаичный образ Свят. Николая, изготовленный в Риме русскими мастерами. Каждый четверг перед ним служился молебен. Снаружи находился образ св. Александра Невского.

В 1857-1858 гг. по проекту архитектора А.М.Горностаева заново отделан интерьер собора на средства купцов В.А.Фролова и А.И.Тименкова, известных благотворителей. Трёхъярусный XVIII столетия иконостас расширили и надстроили двумя ярусами, дополнительные иконы для него написали В.М.Пешехонов и Н.Г.Шишкин.
В 1878-1879 гг. архитектор А.И.Кракау переделал в характере эклектики ограду и угловую часовню. В 1890 к алтарю пристроена пономарня, а через семь лет расширена алтарная часть.

Самым торжественным в приходе был крестный ход в первый Спас, который шел к стрелке Васильевского острова, где купцы устраивали для водосвятия богатую Иордань. Около Андреевского рынка, вокруг которого 8 июля так же устраивался крестный ход, сооружен в 1903 году киот в память коронования Николая II.

С 1869 года при храме действовало Общество вспоможения бедным в приходе Андреевского собора, содержавшее детский приют, дешевые квартиры для женщин, приют для неизлечимо больных в память Струйских (благотворителей Общества) и больницу с домовой церковью во имя Всех Святых. С 1881 года председателем этого крупнейшего в России приходского благотворительного общества был известный географ, почётный член Петербургской Академии наук, член Государственного совета, сенатор П.П.Семёнов-Тян-Шанский. В 1891 году создан народный хор, который приобрел большую известность под руководством К. К. Бирючева. В 1904 году праздновалось 175-летие со дня основания собора, по этому поводу М.Корольков опубликовал работу «Андреевский собор С.-Петербурга». В 1914 году учреждено приходское миссионерское братство.

Последним настоятелем с 1890 года до революции был протоиерей Иоанн Иоаннович Добронравов.

После большевистского октябрьского переворота 1917 года в России начались невиданные в мировой истории разрушение государственности, геноцид народа и гонение на Церковь Христову. Насилие, разруха, голод и смерть в полной мере обрушились по вине христоненавистников на духовенство и прихожан прихода Андреевского собора.

В 1922 году в Андреевском соборе большевики произвели изъятие церковных ценностей. Были изъяты богослужебные сосуды из драгоценных металлов, серебряные оклады икон первого ряда иконостаса, старинное Евангелие в серебряном окладе, облачение главного престола, сделанное в 1861 году из 7,5 пудов серебра в мастерской известного ювелира Ф.А.Верховцева и многое другое.

За ненасильственное сопротивление большевистскому террору в 1922 году патриарх Московский и Всероссийский Тихон (Белавин) был заключён в тюрьму, а митрополит Петроградский и Гдовский Вениамин (Казанский) осуждён революционным трибуналом и 13 августа расстрелян. Патриарху Тихону в обвинительном заключении Верховного Суда РСФСР от 17 апреля 1923 года вменялось в вину среди прочего и петроградское дело о противодействии изъятию церковных ценностей, по которому был осуждён митрополит Вениамин. В 9-м подпункте этого обвинительного заключения утверждается: «Того же числа (24 апреля 1922 г.) у Андреевского Собора скопляется толпа в несколько сот человек, ведется агитация против изъятия церковных ценностей, избиваются члены комиссии».

В это время высшее церковное управление, епархии и приходы Русской православной церкви при поддержке богоборческой власти попытались захватить раскольники-обновленцы. Петроградский Андреевский собор самочинно захватила группировка во главе с протоиереем Николаем Платоновым, впоследствии обновленческим «ленинградским митрополитом». В конце 30-х годов обновленцы присвоили собору звание кафедрального. Об этом периоде в истории храма сохранились интересные воспоминания в труде А.Левитина-Краснова и В.Шаврова «Очерки по истории русской церковной смуты».

В начале 20-х годов, при создании по проекту архитектора И.А.Фомина бульваров на Большом проспекте В.О., были снесены часовня и ограда собора. Весной 1930 года по предложению общества «Старый Петербург», под предлогом установки памятника лейтенанту П.П.Шмидту, снесена и часовня на Николаевском мосту.

В 1928 году по указанию властей с колокольни собора сняли колокола, их передали в Петропавловскую крепость, а впоследствии переплавили.

В 1937 году на средства прихода произведено научное обследование иконостаса и икон, иконостас позолотили и отреставрировали. При этом была изъята и передана в Русский музей икона Крестовоздвижения XVII века с портретом царя Алексея Михайловича и патриарха Никона.

16 мая 1938 года в храме прекратились обновленческие богослужения, часть духовенства и самых активных прихожан арестовали, приговорили к расстрелу либо к длительным срокам заключения.

Официально Андреевский собор закрыт решением президиума Ленгорисполкома от 11 июля 1938 года. С куполов были сняты кресты, а здание передано тресту художественно-промышленного производства, который произвёл частичную перепланировку помещений. Намерение пользователя разобрать иконостас не осуществилось благодаря твёрдой позиции начальника ГИОП Н.Н.Белехова, в связи с этим нижнюю часть иконостаса зашили фанерой на высоту 2.5 метра.

Во время Великой Отечественной войны и блокады Ленинграда здание храма было оборудовано средствами ПВО для отражения налётов вражеской авиации. В результате артобстрелов и взрыва авиабомбы пострадали фасады и крыша, взрывной волной были выбиты стёкла, уникальный иконостас и интерьер значительно повреждены.

В послевоенном 1947 году проведены восстановительные работы, по окончании которых здание собора передали институту Ленморниипроект. В 1968-1970 гг. начался реставрационный ремонт фасадов, интерьера, настенной живописи и иконостаса, при этом была закрашена известковой краской живопись в куполе. После 1980 года в храме поместили часть антропологических коллекций Института Этнографии им. Миклухо-Маклая АН СССР (Кунсткамеры). В 1978 году на главном куполе установили антенну для радиосвязи (снята в 1987 году).

Возрождению Андреевского собора положил начало в 1988 году митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий, впоследствии Святейший Патриарх Московский и всея Руси. Владыка Алексий посетил занятый институтом этнографии храм, благословил создание православной общины прихода и начало трудов по возвращению храма верующим. Для возобновления богослужений митрополия передала в собор престол, жертвенник, богослужебные сосуды и другую церковную утварь. В 1989 году ключарь Нико-Богоявленского собора протоиерей Сергий Чевяга (+1998) отслужил в храме первый молебен. На просьбу общины о передаче собора Православной Церкви секретарь Ленгорисполкома В.И.Шитиков в письме от 11 февраля 1990 года ответил, что надежд на открытие храма в обозримом будущем нет, поскольку нет помещения для антропологической коллекции.

В 1990 году при митрополите С.-Петербургском и Ладожском Иоанне (+1995) алтарь и подкупольная часть храма были возвращены приходу, в них начались богослужения. При этом за фанерной перегородкой в нефе и приделах по-прежнему хранились человеческие черепа и костные останки антропологической коллекции кунсткамеры. 13 декабря 1990 года настоятелем Андреевского собора протоиереем Александром Швецом была совершена первая после 52-летнего перерыва Божественная литургия. 15 июля 1991 года православной общине Андреевского Собора возвращена и передана в бессрочное пользование церковь Трех Святителей Вселенских. Андреевский собор передан епархии 10 декабря 1992 года.

13 декабря 1993 года, в престольный праздник храма, епископ Тихвинский Симон, викарий С.-Петербургской епархии, освятил престол главного алтаря и ту часть собора, которая была передана приходу.

18 ноября 1994 года настоятелем назначен священник Михаил Мокрополов. Митрополит Иоанн благословил ежедневно совершать утренние и вечерние богослужения.

Летом 1995 года Институт антропологии и этнографии вывез свое имущество и полностью освободил здание храма.

В 1995-1996 гг. на купола Андреевского собора водружены титановые вызолоченные кресты, в эти же годы произведён ремонт стропильной системы и кровли.

В 1998 году праздновалось 300-летие учреждения Петром Великим Андреевского ордена. Указом Президента Российской Федерации от 1 июля 1998 года 757 восстановлен орден Андрея Первозванного, как высшая награда России. Первыми кавалерами возрождённого ордена стали петербуржец академик Д.С.Лихачев и Патриарх Алексий II. Промыслительно то, что Святейший Патриарх Алексий трудами своими на Ленинградской кафедре положил благое начало возрождению соборного храма Андреевского ордена и стал кавалером этой высшей награды.

В 1999 году на колокольню установлен 65-ти пудовый колокол «О упокоении раба Божиего Павла», вклад семьи усопшего на вечное поминовение. В следующем году на средства прихода установлены 6 других, меньших колоколов.

12 февраля 2001 года, в день Трёх Святителей Вселенских, митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир освятил Трёхсвятительскую церковь прихода Андреевского собора.

В 2001 году при создании пешеходной зоны на 6-й линии В.О. перед зданием храма установили обелиск в честь 300-летия учреждения ордена Андрея Первозванного, началось восстановление часовни и ограды. 15 ноября 2001 года митрополит Владимир освятил воссозданную часовню во имя св. равноап. великого князя Владимира, крестившего Русь на берегах Днепра, после того, как около девятисот лет тому назад там побывал с апостольским благовестием Андрей Первозванный. Часовня воссоздана трудами Балтийской строительной компании по проекту архитектурной мастерской «КРОМ» на месте первоначальной, снесённой богоборцами в 20-х годах.

В 2001-2002 гг. по городской Адресной программе реставрации памятников произведён реставрационный ремонт фасада и куполов храма, установлены новые оконные заполнения в центральном куполе, отреставрирован, вызолочен и установлен над входом барельеф с изображением Андреевского ордена. Реставрация внутреннего убранства храма произведена на пожертвования прихожан.

В 2003 году торжественно отмечалось 300-летие основания Санкт-Петербурга. По благословению Святейшего Патриарха Алексия II на эти празднества были доставлены мощи святого апостола Андрея Первозванного, хранящиеся в афонском русском Пантелеймоновом монастыре. 27 мая, в день юбилейных торжеств, после совершения божественной литургии в Исаакиевском соборе и грандиозного крестного хода на Дворцовую площадь, мощи Святого Апостола были перенесены в Андреевский собор, где их благоговейно встретили духовенство храма и православные петербуржцы.

В старинном Андреевском соборе, в котором в своё время молились святые блаженная Ксения Петербургская, праведный Иоанн Кронштадский, страстотерпец император Николай II, регулярно и с большой любовью совершает богослужения Высокопреосвященнейший Владимир, митрополит С.-Петербургский и Ладожский. Восстановление Андреевского храма и принесение честных мощей Апостола в освящённый в его честь собор — во многом заслуга владыки митрополита.
В 2004 году по представлению митрополита Владимира, за труды по возрождению храма, настоятель протоиерей Михаил Мокрополов был награждён орденом преподобного Андрея Рублёва.

В июле 2004 года, в честь 275-летия основания прихода Андреевского храма и 240-летия закладки нынешнего здания собора, на солею установлена латунная вызолоченная ограда.

Духовенство и прихожане храма ведут большую социальную и благотворительную деятельность: протоиерей Артемий Темиров является главным врачом и духовником епархиальной больницы св. Блаженной Ксении Петербургской; протоиерей Константин Гультяев, врач по образованию, является сопредседателем общества инвалидов Петроградского р-на С.-Петербурга; священник Андрей Битюков, медик по образованию, является настоятелем прихода св. ап. и евангелиста Луки при СПбГМУ им. Павлова и храма во имя св. мч. Раисы Александрийской при институтете детской гематологии и трансплантологии; священник Александр Тиманков ведет пастырский час и другие передачи на радио «Град Петров», а также воскресную школу для взрослых.

До наших дней в соборе чудом сохранился великолепный резной деревянный 17-метровый золоченый иконостас XVIII века, один из старейших в городе. Самые древние в иконостасе образа свт. Николая Чудотворца и св. Александра Невского, переданные из церкви Меншиковского дворца, находятся в храме с самого его основания.

Особо почитается прихожанами храмовый образ Божией Матери «Нечаянная Радость», перед которым по вторникам по окончании вечерни совершается молебен с пением акафиста.

В соборе две особо чтимые иконы св. ап. Андрея Первозванного. Одна с житием, датируемая 1728 годом, из Св.Троице-Петровского собора (снесён в 1933 году), другая — аналойная, с частицей мощей апостола (частица мощей вклад архидиакона Андрея Мазура). Алтарный образ апостолов Андрея и Филиппа также содержит частицу мощей св. ап. Андрея. Величественный иконостас и старинные образа органично дополняют иконы нового письма.

Ежедневно в храме совершаются литургия, нач. в 10.00, и вечернее богослужение, нач. в 17.00; в перерыве между богослужениями духовенство осуществляет дежурство.
В приходской школе ведутся занятия для взрослых и детей, для детей открыт класс церковного пения.

Орденский Андреевский собор на Васильевском острове, ныне отмечающий 275-летие основания, является украшением Санкт-Петербурга, памятником служения Отечеству и воинской доблести, русского церковного зодчества и искусства, благочестия и жертвенности православных христиан многих поколений.