Село Преображенское впервые упоминается в XVII веке, когда царь Алексей Михайлович распорядился построить здесь летний дворец. Широкую известность Преображенское получило во времена Петра I. Здесь базировались потешные войска, сформированные для забав царевича.

В 1687 году из потешных войск были сформированы Преображенский и Семёновский полки. Из значимых событий того периода можно отметить основание здесь в 1686 году Преображенского приказа.

В 1747 году сержант Преображенского полка приобрел по соседству, в Семеновском, здание старой деревянной церкви. Сруб перевезли в Преображенское и установили на полковом дворе Преображенского полка, на месте полотняной временной церкви. 19 июля 1747 года церковь была освящена в честь небесных покровителей Петра I — апостолов Петра и Павла. Престол во имя Спаса Преображения, ставший впоследствии главным был освящён в 1800 году.

Строительство храма

В 1763 году прихожане решили построить новый каменный храм, начался сбор пожертвований. Строительство нового храма было начато через два года, рядом со старой деревянной церковью. К 1768 году строительство было завершено и храм заработал. В 1781 году к нему пристроили придел Петра и Павла и колокольню.

Во время московского пожара 1812 года церковь не пострадала, службы в ней не прекращались всё время пребывания в Москве французской армии.

Начиная с 1830 года, при активном участии купца Котова, избранного церковным старостой, храм начал благоустраиваться и богатеть. В 1856 году Преображенский полк пожертвовал церкви икону Преображения Господня. 23 мая 1883 года, перед празднованием 200-летия полка, церковь посетил Александр III. После посещения императора в Спасо-Преображенском храме был сооружён второй придел во имя Александра Невского.

Советский период

После революции храм оставался действующим. Прихожанам храма удалось сохранить все церковные ценности, включая колокола. Во времена массового закрытия церквей сюда приносили на сохранение иконы из других храмов. Во время Великой Отечественной войны прихожане собирали пожертвования для фронта. С 1944 года в храме находидась кафедра митрополита Крутицкого Николая (Ярушевича).

К началу 1960-х годов у храма Спаса Преображения был один из самых крупных приходов в Москве. Под предлогом строительства метро в 1963 году Мосгорисполком принял решение о сносе храма. В защиту своего храма прихожанам удалось собрать больше 2500 подписей. В четыре часа утра 18 июля 1964 года храм был взорван. В итоге станцию метро Преображенская площадь построили в другом месте, а на месте храма был разбит сквер.

Возрождение храма

Первые попытки восстановления храма начали предприниматься в 1996 году. В 1999 году был официально зарегистрирован приход церкви Спаса Преображения. Основным препятствием на пути восстановления храма стало получение разрешения от префектуры Восточного административного округа. Возглавляющий префектуру с декабря 2003 года префект Н.Н. Евтихиев объяснял свой отказ тем, что «предлагаемый к строительству участок является сквером с ценными зелеными насаждениями, не подлежащими пересадке».

17 июля 2009 года вышло распоряжение Правительства Москвы за номером 1580-РП, согласно которому принимается предложение Комитета по культурному наследию города Москвы и прихода храма Преображения Господня на Преображенской площади о воссоздании в 2009-2013 годах храма Преображения Господня на его прежнем месте. Проект восстановления был создан в Моспроекте-2, строительство ведёт НПО «Космос». В основу проекта восстановления были положены чертежи 1883 года, использовались также архивные фотографии. Во время подготовки к воссозданию храма проводились археологические раскопки, в ходе которых были обнаружены напрестольный крест, язык колокола, некоторые элементы церковной утвари, а также фрагменты амуниции солдат-преображенцев. Сохранился также фундамент церкви, который решено было не использовать при восстановлении. Фундамент заключён в саркофаг и накрыт монолитной плитой; на созданным таким образом стилобате ведётся строительство нового здания. Новое здание храма будет стоять выше взорванного и, по мнению авторов проекта восстановления, более удачно впишется в новое городское пространство.

В пространстве фундамента, в алтарной части, планируется создать престол Николая Чудотворца в память последнего настоятеля храма Николая Ярушевича. Появится в храме и новый придел во имя Андрея Первозванного, предназначенный для крещения.