Покровский собор, без всякого сомнения, хорошо знаком всем барнаульцам и большинству жителей края. Многие хоть однажды в своей жизни побывали под его святыми сводами: крестили своих детей, отпевали умерших родственников, приобретали свечи и иконы, молились о здравии своих родных и близких.

Особенно много людей посещало собор в пятидесятые-восьмидесятые годы ушедшего века, когда на весь Алтайский край было всего три-четыре православных храма. В то время собор Покрова Пресвятой Богородицы окормлял значительные территории. Именно Покровский собор был тем краеугольным камнем, несокрушимой скалой, о которую разбивались мутные волны атеистического мракобесия. Да и в наши дни, когда православные храмы открыты почти во всех районных центрах, многие сельские жители, приезжая в Барнаул по своим делам, по старой памяти в первую очередь посещают кафедральный собор, отдавая ему предпочтение перед другими храмами.

В 2004 году Покровский собор отметил свой 100-летний юбилей. Но история появления первой Покровской церкви уходит в более отдаленные времена - в середину XIX века. Именно в это время на Алтай начинают переселяться многие жители европейских губерний России, страдавшие от малоземелья. Часть переселенцев оседала в Барнауле. Как правило, селились люди за Конюшенным переулком (сегодня - Красноармейский проспект), на западной окраине города, впоследствии названной Зайчанской слободой или просто Заячьей. Слобода быстро росла в сторону речки Пивоварки, а ближайший храм - святого Димитрия Ростовского - находился в центре города, на Демидовской площади, то есть на значительном расстоянии от Заячьей. В это время было принято решение о строительстве нового кирпичного Знаменского храма, а старую деревянную церковь во имя святых праведных Захария и Елизаветы было решено демонтировать и по ее плану построить церковь Покрова Пресвятой Богородицы с приделом святого благоверного князя Александра Невского в Заячьей слободе. Благословение на это благое дело дал Томский епископ Парфений 20 ноября 1859 года.

Спустя самое короткое время - а оно было необходимо для подвоза строительных материалов и некоторых организационных работ - в 1860 году приступили к строительству. При возведении нового храма стали использовать и хорошо сохранившиеся бревна разобранной к тому времени Знаменской церкви. Жители Зайчанской слободы считали за честь для себя принять участие в этом святом деле, поэтому Покровская церковь была построена в достаточно сжатые сроки: 4 августа 1863 года состоялось освящение храма.

Покровская церковь находилась в беднейшей части Барнаула. Ее прихожанами были крестьяне, мещане, ремесленники и прочий мастеровой люд. Поэтому, учитывая невозможность содержания храма на их скудные пожертвования, Томская консистория - а Алтайский горный округ Кабинета Двора Его Императорского Величества входил тогда в состав Томской епархии - приписала Покровскую церковь к собору Петра и Павла, который и должен был помогать Заячьей слободе содержать свой храм в благолепии. Это правило неукоснительно соблюдалось в течение всей второй половины девятнадцатого века и даже в начале двадцатого.

Однако территория Заячьей слободы стремительно увеличивалась, и уже к началу восьмидесятых годов XIX века Покровская церковь не могла вместить в своих стенах всех верующих. По своей инициативе прихожане стали собирать деньги на строительство нового, более вместительного храма. Собирали всем миром, но, несмотря на пожертвования барнаульского купечества, довольно долго: необходимая для строительства сумма была собрана только к 1898 году. 9 августа этого же года был заложен первый камень в фундамент будущего храма. В 1903 году строительство церкви было завершено, а освящение состоялось 29 сентября 1904 года.

Как уже говорилось выше, Покровская церковь находилась в беднейшей части города и ее прихожане не имели возможности оплачивать учебу своих детей. Заботу об этом взял на себя настоятель храма протоиерей Иоанн Смирнов. По его инициативе первые церковно-приходские школы для мальчиков и отдельно для девочек были открыты при Покровской церкви еще в начале девяностых годов XIX века. Но их было явно недостаточно, и вскоре после завершения строительства каменного храма Покрова Пресвятой Богородицы отец Иоанн Смирнов заказывает известному барнаульскому архитектору Ивану Носовичу проект новой, кирпичной церковно-приходской школы. Вскоре и это здание было построено. Находилось оно на углу Павловской (Анатолия) улицы и Третьего Прудского (Ядринцева) переулка. Это была самая большая церковно-приходская школа Барнаула. Нужно отметить, что это здание всегда использовалось по своему прямому назначению - после Октябрьского переворота в нем разместилась школа номер 13. Отрадно отметить тот факт, что современное руководство школы не забыло свои исторические корни и отсчет времени в своем учебном заведении ведет с 1892 года - года создания первой церковно-приходской школы при Покровской церкви. Свой 110-летний юбилей школа номер 13 отметила в 2002 году.

В годы революционного безвременья и богоборческого режима Покровская церковь в полной мере пережила те испытания, которые выпали на долю русского православного народа: безбожники обстреливали ее в дни страстной седмицы 1918 года, грабили в начале двадцатых годов. 10 апреля 1939 года церковь была закрыта.

Покровский храм промыслом Божиим прекратил богослужения одним из последних на Алтае и не был разрушен как большинство храмов Барнаула. Многие его священники и прихожане были арестованы, расстреляны, отправлены в тюрьмы и лагеря. Но в лихую военную годину храм был вновь открыт - в январе 1944 года началось его восстановление.