Отец Иоанн родился в 1954 году в г.Копейске Челябинской области.

В 1958 году семья переехала в Миасс, где и прошли детство и юность. Первая специальность – электромонтер. До армии окончил курсы водителей от военкомата – в армии был шофером. Служил в Советской Армии в группе войск в Германии. Женат, трое детей: дочь и два сына.

Окончил заочно Московскую духовную семинарию.

В 1987 году по благословению Управляющего Челябинской епархией - архиепископа Свердловского и Курганского Мелхиседека, назначен настоятелем молитвенного дома в городе Каменске-Уральском. Осенью этого же года назначается настоятелем церкви во имя Покрова Пресвятой Богородицы.

В 1990 году назначен на должность благочинного 3-го благочинного округа Свердловской области, а в 1994 году – благочинным Каменск-Уральского церковного округа. На должность настоятеля церкви Покрова Божией Матери отец Иоанн назначен в 1991 году.

В 1997 году протоиерей Иоанн Агафонов, по благословению епископа Екатеринбургского и Верхотурского Никона, назначен благочинным Южного церковного округа и одновременно членом Епархиального совета Екатеринбургской епархии.

Под руководством отца Иоанна в городе восстанавливаются храмы: Волковская Покровская церковь, Каменская Покровская церковь, Свято-Троицкий Собор, являющиеся памятниками истории и архитектуры ХIХ века, что положительно сказалось на облике города.

Заслуги отца Иоанна отмечены многими наградами. За усердное служение святой Русской Православной Церкви Святейшим Патриархом Всея Руси Пименом жалован саном протоиерея, удостоен права ношения Креста с украшениями, награжден орденом преподобного Сергия Радонежского III степени. Из рук Патриарха жалован иконой Святой Троицы, а министр юстиции России отметил заслуги священника в укреплении уголовно-исполнительной системы серебряной медалью.

За большую просветительскую работу по духовно-нравственному воспитанию горожан, восстановлению памятников истории и архитектуры города решением городской Думы от 10 июля 1996 г. №32 Ивану Алексеевичу Агафонову присвоено звание «Почетный гражданин города Каменска-Уральского».