Основан в конце XIХ века. Действовал как женский монастырь. С 2000 года после восстановления — мужской монастырь.

Обитель основана помещиками Эннатскими. 30 сентября 1893 г.

Первый деревянный храм появился в обители 29 июня 1894 г.

В начале 1900-х годов началось строительство кирпичного Покровского собора. Ныне собор заново расписан стенописцем Никаноровым Владимиром Васильевичем с дочерью.

В зрелом возрасте пришла в монастырь Евдокия Яковлевна Суханова. В монастыре она приняла постриг в монахини с именем Евникия. В 1919 году матушка Евникия приняла великую схиму с именем Зосима. В двух километрах от монастыря она ископала источник, от которого болящие стали получать исцеление. Вблизи источника позже был устроен скит с часовней во имя Пресвятой Троицы. Прожила схимонахиня Зосима Эннатская 115 лет. Ныне она причислена к лику святых. Святые мощи находятся в Покрово-Эннатском мужском монастыре.

В конце 1917 года монастырь был разграблен.

По ходатайству епископа Никона 19 июля 2000 г. Священным Синодом Русской Православной Церкви было благословлено открытие на территории поруганной женской обители Покровского мужского монастыря для возрождения в нём монашеской жизни.

После окончания строительных и реставрационных работ монастырь станет женским (десять сестер уже пострижены в монахини), а мужчины уйдут строить себе другое пристанище.

В настоящее время в монастыре проводятся многочисленные строительные работы: храм Иконы Божьей Матери (Иверской), храм княгини Ольги,, Николо-Бондаревский скит, крестильный храм князя Владимира, большой трапезный храм архангела Михаила. Построена гостиница для паломников. После окончания работ монастырь опять станет женским.