Монастырь во имя святого великомученика Феодора Стратилата был основан в память о победоносной битве объединенных переславской и московской дружин с тверской дружиной боярина Акинфа. Битва произошла 8(21) июня 1304 года в день памяти великомученика Феодора Стратилата. Эту дату и принято считать днем начала Феодоровского монастыря. Это время правления московского князя Юрия Даниловича.

В 1511 году великий князь московский Иоанн III Васильевич жалует монастырю деревни и пустоши.

В 1551 году царь Иоанн Васильевич Грозный дарует монастырю «слободку Ямскую, свое дворцовое село Ивановское, да село Петровское, да 500 рублей на монастырское строение по сыне своем Иване».

В 1557 году в память о рождении сына своего Феодора царем Иоанном Грозным был одет в камень деревянный храм во имя святого великомученика Феодора Стратилата.

В 1611 году при нашествии польско-литовских войск монастырь был полностью разорен.

С 1622 года по 1659 год во время правления игумена Рафаила, по Государеву приказу была выстроена деревянная рубленная ограда с восемью башнями и теплый деревянный храм Введения Богородицы с двумя престолами: Введения во храм Пресвятой Богородицы и Святителя Николая.

В 1654 году и в1667 году в Переславле эпидемия чумы.

20 июля 1667 года Феодоровский мужской монастырь был обращен в женский по повелению царя Алексея Михайловича и Патриарха Иоасафа II. Управление монастыря было поручено игумении Иринархе, в ведении которой находилось 150 стариц.

В 1681 году при игумении Клеопатре (1680- 1686 год) строителем схимонахом Сергием была построена каменная ограда и начато строительство колокольни.

В 1684 году деревянный Введенский храм был перестроен в камне и освящен схимонахом Сергием.

В 1710 году на средства сестры Петра I – Наталии Алексеевны был заново и на новом месте построен теплый Введенский храм с приделами:

1) во имя иконы Божией Матери «Знамение»;

2) во имя святых мучеников Адриана и Наталии.

В 1714 году на средства Натальи Алексеевны, сестры Петра I, было закончено строительство храма Казанской иконы Божией Матери с переходом из больницы в храм.

К середине 18 века монастырь достиг своего наивысшего расцвета, пользовался покровительством дома Романовых, имел подворье в Москве.

В 1865 году при игумении Максимилле купец Авраамий Ушаков выстроил двухэтажный келейный корпус для сестер монастыря.

С 1875 года по 1916 год управляла монастырем игумения Евгения. При ней построены каменный корпус в северной части монастыря на средства Елизаветы Осиповны Молчановой, возведен 3-х этажный корпус трапезной, приходская школа для девочек, рукодельная мастерская, каретный сарай с жилым помещением, два колодца, надкладезная часовня, рядом с монастырем 3-х этажная каменная гостиница. Было устроено три пустыни:

• Алексеевская с церковью во имя святого Алексия Человека Божия и колокольня при ней;
• Воскресенская с храмом во имя Воскресения Господня;
• Всесвятская, недалеко от станции Берендеево с храмом во имя Всех Святых.

При каждой пустыни были учреждены церковно - приходские школы.

23 мая 1913 года по случаю торжественного празднования 300-летия царствования Дома Романовых «Государю Императору с Августейшими дочерьми Ольгой, Татианой, Марией и Анастасией Николаевнами благоугодно было посетить Феодоровский монастырь».

С 1913 года по 1923 год (до закрытия обители) управляла монастырем игумения Олимпиада.

1 марта 1923 года решением «ликвидационной комиссии» Отдела Управления Владимирского губисполкома монастырь был закрыт. Его храмы и жилые помещения занимали различные организации.

В 1998 году Феодоровский женский монастырь был возвращен Русской Православной Церкви. Был приписным к Никольскому женскому монастырю города Переславля. Обязанности первой настоятельницы по передаче обители исполняла игумения Евстолия (Афонина).

19 апреля 1998 года на праздник Святой Пасхи состоялась первая Божественная Литургия в храме Введения Пресвятой Богородицы.

В 1999 году Указом Архиепископа Ярославского и Ростовского Михея (Хархарова) служащим священником монастыря был назначен иерей Александр Алексеев.

25 декабря 1999 года Архиепископ Ярославский и Ростовский Михей совершил Великое освящение центрального престола Введенской церкви.

21 апреля 2001 году старшая монахиня Феодоровского монастыря Михаила (Лободаева) была назначена исполнять обязанности настоятельницы Феодоровского женского монастыря с возложением наперсного креста Высокопреосвященнейшим Михеем, Архиепископом Ярославским и Ростовским за Божественной Литургией в Никольском монастыре. Феодоровский женский монастырь становится самостоятельным.

27 ноября 2001 года установлено празднование в честь священномученика Николая (Дунаева) – день мученической кончины в 1937 году священника Переславского женского Феодоровского монастыря.

В 2003 году на паперти Введенского храма устроена звонница из колоколов, пожертвованных игуменом Вениамином (Лихомановым), ныне архимандритом.

27 апреля 2003 года по благословению архиепископа Ярославского и Ростовского Кирилла (Наконечного) был совершен большой Пасхальный Крестный Ход по городу из Феодоровского монастыря в Никитский мужской монастырь. Теперь это стало ежегодной традицией.

11, 12, 13 августа 2003 года по благословению Архиепископа Ярославского и Ростовского Кирилла (Наконечного) проходили Крестные ходы в честь возвращения Толгской иконы Божией Матери из музея в Свято-Введенский Толгский женский монастырь г.Ярославля.

2004 год - празднование 700- летия основания Феодоровского женского монастыря (1304 г.). Впервые со дня закрытия монастыря (1923 год) было проведено Праздничное Богослужение. Божественную Литургию совершали архиепископ Ярославский и Ростовский Кирилл, архиепископ Курский и Рыльский Герман и епископ Бакинский и Прикаспийский Александр с сонмом духовенства при стечении огромного количества православных верующих. Был совершен большой Крестный Ход по улицам города Переславля.

9 января 2005 года монахиня Свято-Введенского Толгского женского монастыря Елисея (Суслова) возведена в должность настоятельницы Феодоровского женского монастыря.

2005 год был ознаменован стечением паломников к чудотворному образу Андрониковской иконы Божией Матери, через которую многие получили помощь и исцеление.

19 января 2006 года скончалась монахиня Нектария, одна из первых насельниц вновь открытой обители. Похоронена с южной стороны алтаря Феодоровского собора.

1 мая 2006 года монахиня Варвара (Чекоткова Нина Федоровна) была назначена исполняющей обязанности настоятельницы Феодоровского женского монастыря. 9 октября она была возведена в должность настоятельницы с возложением наперсного креста.

29 октября 2006 года Архиепископ Ярославский и Ростовский Кирилл с сослужащим Епископом Бакинским и Прикаспийским Александром совершил освящение храма во имя Казанской иконы Божией Матери.

С этого дня в монастыре ежедневно совершается Божественная Литургия.

3 декабря 2006 года в храме Введения во храм Божией Матери был установлен иконостас.

20 июня 2007 года в монастырь привезена частица мощей св. вмч. Феодора Стратилата из Лукиановой Пустыни Владимирской Епархии.

4 августа 2007 года встречали княгиню Ольгу Николаевну Куликовскую-Романову, - родственницу Царя- страстотерпца Николая II.

Своими трудами, неустанными молитвами сестры стараются внести свой вклад в восстановление монастыря. Но требуются общие усилия и значительные средства для ее полного восстановления в былом благолепии.