Существующий ныне на Маросейке Космодамианский храм построен в 1793 году, но на этом же месте церковь была и ранее, так что следует различать собственно две церкви: старую и настоящую.

Когда именно и кем была построена старая церковь – точных сведений не имеется. Достоверно известно, что она существовала еще в начале 17-го века. Так, об этом храме упоминается в книге Патриаршего Казенного Приказа за 1б25 год и в «Книге царского жалованья московским церквам». Из тех же свидетельств можно видеть, что старая церковь была каменная, одноэтажная и двухпрестольная: с главным престолом во имя святителя Николая и придельным во имя свв. бессребреников Космы и Дамиана. Поэтому она нередко называлась в старинных документах церковью св. Николая, хотя наименование по Космодамианскому приделу удерживалось тоже.

Вначале старая церковь Космы и Дамиана не имела ни паперти, ни колокольни, они были пристроены только в 1651 году. В конце 17-го столетия попечением княжны Евдокией Андреевной Куракиной над одноэтажной постройкой вырос второй верхний ярус, и здесь устроена была новая церковь во имя Казанской иконы Божией Матери. Так у старого Космодамианского храма появилось и третье название – Казанский. Сначала церковь была только ружной (состоящей на содержании) княгини Куракиной, и особые от Космодамианского причта священник и псаломщик содержались на средства княжны. Но в 1771 – 1772 гг. храм поступил в заведование Космодамианского причта и соединился с приходским.

В это же время, т. е. в конце 18 века, Космодамианская церковь пришла в полную ветхость. Это была тяжелый, критический период... Но Всеблагой Отец Небесный не оставил ее Своею милостью, возбудив к усердию сердца добрых людей. Ревнуя о славе Божией, прихожане пришли к мысли не о ремонте, но о сооружении новой церкви, и притом с некоторым изменением в устройстве. В июле 1790 года они вошли к Митрополиту Московскому Платону с ходатайством ветхий храм сломать и вместо него соорудить новый во имя Спасителя, Исцелителя расслабленного, с двумя приделами: во имя свт. Николая и свв. бессребреников Космы и Дамиана. Таким образом, главный престол во имя свт. Николая, бывший в старой церкви, перенесен в новую, в южный придел; верхний ярус с престолом во имя Казанской иконы Божией Матери уничтожен, а главный престол посвящен Спасителю, Исцелителю расслабленного.

Замечательно, что наименование нового храма по приделу Космодамианским по-прежнему удержалось, хотя по главному престолу он иногда и назывался Спасским. Это и есть тот самый храм, который существует ныне. На предмет построения этого храма почти все прихожане сделали более или менее значительные пожертвования, но во главе жертвователей и душой святого дела был подполковник Михаил Родионович Хлебников: на его имя была выдана и храмозданная грамота в январе 1791 года.

В декабре 1793 года новый Космодамианский храм был окончен постройкой вчерне, а совсем благоукрашен был только южный придел во имя свт. Николая, который и освящен был 18 декабря того же 1793 года. С того времени начато было и богослужение в новой церкви. Через 2 года, а именно, 21 октября 1795 года, освящен был северный придел во имя свв. бессребреников Космы и Дамиана, а главный – во имя Спасителя, Исцелителя расслабленного, представлявший единственный в Москве храм с таким наименованием, – освящен был 4 октября 1803 года. Можно видеть, что новый Космодамианский храм строился в течение 12 лет.

В проекте известного русского архитектора Матвея Казакова замечательно искусно сочетаются отдельные части и линии. Оригинально устройство приделов храма: северного Космодамианского и южного Никольского. Приделы эти помещаются в пространстве, имеющем строго выдержанную форму круга. Вид круга имеют также настоящая церковь и отчасти алтарь ее.

В нашествие на Москву неприятелей в 1812 году Космодамианская церковь подверглась общей с прочими церквями участи, лишившись значительной части своего имущества и украшений, и нескоро оправилась от постигшего ее разорения.

До 1857 года храм был разделен на 2 половины: зимнюю и летнюю. «Холодный» храм во имя Спасителя, Исцелителя расслабленного запирался на зимнее время, «теплый» же состоял лишь из трапезной и двух приделов и не отличался вместительностью. Зимой здесь было особенно тесно, и в 1857 году в подвале под церковью устроили духовую печь. Так холодная церковь стала теплой. С того времени почти 40 лет крупных капитальных работ в Космодамианской церкви не производилось. А в 1893 году храм был обновлен внутри и снаружи. Это великолепное обновление Космодамианского храма стало тем более приятно, что совпало со столетним юбилеем со времени построения и освящения Никольского придела, которое было отпраздновано с великой торжественностью 18 декабря 1893 года с совершением крестного хода вокруг церкви при громадном стечении богомольцев.

В летописи Космодамианской церкви записано несколько случаев благодатных исцелений, полученных больными от храмовой иконы Спасителя, Исцелителя расслабленного. Эта икона является особо чтимой святыней уже с самого построения и освящения этого храма, привлекая к себе благочестивых поклонников из разных мест столицы. Особенно это бывает заметно в храмовый, единственный во всей Москве праздник, совершаемый в третье воскресенье по Пасхе.

С давнего времени установлено совершать пред этой святой иконой молебствие каждую субботу, по окончании всенощного бдения; причем, на этом молебствии полагается особый тропарь, особый прокимен, особое Евангелие и особая в высшей степени умилительная молитва.