Ещё задолго до основания на Коневце обители, Карельские и Ладожские земли населяли многочисленные финно-угорские племена. По реке Неве и побережью Балтийского моря жили вепсы и ижора. Чудь — к востоку от Ладожского озера. К северу и в земле Карельской — корелы. На западе с ними соседствовали восточно-славянские племена: ильменские славяне, кривичи. 

До крещения Руси все они оставались язычниками. Поклонялись богам Велесу и Перуну, ставили по всей земле множество капищ, где совершали обряды поклонения богам. 

С принятием на Руси христианства в 988 году при князе Владимире, новая вера начинает проникать и в северные земли. Пройдет ещё несколько столетий, и русский север станет известным центром монашеской жизни на Руси. 

Об основателе Коневского монастыря преподобном Арсении Коневском мы знаем довольно немного. Житие преподобного говорит, что Арсений был уроженцем Великого Новгорода. Ни точная дата его рождения, ни его родители, ни даже его мирское имя нам неизвестны. Арсений был искусным ремесленником и немало преуспел в ковке медных сосудов. В возрасте примерно 20 лет он уходит в новгородский Лисогорский монастырь, где в 1379 году принимает монашеский постриг с именем Арсений. Прожив 14 лет в Лисогорском монастыре, преподобный покидает его и по благословению игумена отправляется на Афон, в Грецию, предположительно в сербский Хиландарский монастырь. Там его принимает братия во главе с игуменом Иоанном. Арсений безвозмездно выделывает медную посуду не только для монастыря, в котором подвизался, но и для остальных обителей на Афонской горе. Вскоре соседние монастыри стали присылать Арсению своих иноков для научения этому ремеслу. Опасаясь, чтобы многочисленные посетители, приходившие к нему для работы и учения, не обременяли братию его обители, преподобный испросил благословение игумена обойти некоторые афонские монастыри и потрудиться на их пользу. По прошествии трех лет Арсений возымел желание вернуться на родину, с тем, чтобы основать в северных землях обитель во имя Пресвятой Богородицы. Игумен, провидя в нём великого подвижника, благословил Арсения, сказав, что «Господь воздвигнет через него обитель в стране северной, которая спасётся его молитвами от многих прелестей бесовских и суеверий». Он дал преподобному устав святогорского общежития для основания нового монастыря, а в благословение самому Арсению — икону Пресвятой Богородицы Акафистную, позже прославленную в России как икона Божией Матери Коневская. 

В 1393 году Арсений возвращается на родину. Архиепископ Новгородский Иоанн благословляет его на устройство новой обители. Отправившись по реке Волхов в Ладожское озеро, преподобный Арсений ищет уединённое место для иноческой жизни. Так Арсений прибывает на о.Коневец. Однако, зная что на Ладоге есть более отдалённые и пустынные острова, преп. Арсений покидает Коневец и отправляется далее на север. По пути преп. Арсения застигает буря, и он вынужден вернуться обратно на Коневец. Переждав бурю, Арсений снова покидает остров, однако и в этот раз сильный ветер прибивает его лодку обратно к острову. В этом Арсений видит вышнее указание на то, что ему надобно остаться и основать монастырь именно здесь: «По воле Господа и Его Пречистой Матери, обитель должна быть воздвигнута на Коневце». Начиная с этого времени жизнь преподобного Арсения навсегда связана с Коневцом.

Первое шведское разорение монастыря (1577)

Ещё задолго до основания Коневского монастыря шведы, стремившиеся полностью овладеть торговыми путями на Балтике, предпринимали военные походы на берега Невы и Ладоги. Неоднократно они разоряли русские порубежные города — Корелу, Ладогу, Орешек, — охранявшие подступы к Великому Новгороду и торговые пути по Ладоге и реке Неве. В 1558 году начинается длительная Ливонская война России против Ливонского ордена, Польши (Речи Посполитой) и Швеции. Война заканчивается в 1583 году подписанием невыгодных для России Ям-Запольского и Плюсского перемирий. По Плюсскому договору Швеция получила русские города Ивангород, Ям, Копорье, Корелу, а также острова Коневец и Валаам с уездами. В 1577 году Коневский монастырь был разорён и опустошён шведами совершенно, так что братия была вынуждена искать убежища в Новгородском Деревяницком монастыре. С острова была увезена икона Пресвятой Богородицы и некоторые другие ценности. Мощи преподобного Арсения были оставлены на острове, под спудом, в залог возвращения братии и будущего возрождения жизни в обители. 

Через 18 лет, в 1594 году, царь Федор Иоаннович заключает со Швецией другой договор, по которому весь Карельский край и Ладога снова отходят России. Иноки Коневского монастыря возвращаются на остров, но, увы, ненадолго.

Второе шведское разорение монастыря (1610)

В 1611 году польско-литовская рать рвется к Москве, чтобы посадить на Московский престол очередного Лжедмитрия. Чтобы успешнее отразить интервенцию, царь Василий Шуйский заключает со злейшим врагом России — Швецией — договор о совместных военных действиях. Помощь Швеции оказалась незначительной, направленные ею войска бунтовали и в конце концов присоединились к польским интервентам. Войска Шуйского терпят поражение, а сам Шуйский вскоре оказывается свергнутым с престола. Тогда вместо того, чтобы выйти на соединение с русскими войсками под Новгородом, шведское войско во главе с Якобом Делагарди поворачивает на север и идёт в Карелию. 2 марта 1611 года после длительной осады сдаётся крепость Корела, и вся Карельская земля оказывается в руках шведов. Далее шведское войско разоряет Валаамский монастырь, поворачивает на юг и овладевает Орешком, Руссой, Ладогой и Новгородом. 

В 1617 году между Россией и Швецией заключается Столбовский мирный договор, по которому за Россией остаются: Новгород, Русса, Ладога, но «на вечные времена» к Швеции отходят земли по берегам Финского залива, реки Невы, по западному и северному побережью Ладожского озера с крепостями Орешком и Корелой и островами на севере Ладоги, в том числе Коневцом и Валаамом. 

Россия почти на 100 лет теряет выход к Балтийскому морю, а Коневский и Валаамский монастыри прекращают своё существование. С 1610 по 1718 годы братии пришлось вновь искать приюта в Деревяницком монастыре. За 100 лет место, где была обитель, поросло густым лесом. Некогда возведённый здесь силами монастырской братии каменный собор Рождества Пресвятой Богородицы был разобран шведами до основания, а камни увезены в г.Кексгольм (нынешний Приозерск) и использованы для строительства кирхи и крепостных укреплений, от собора осталось лишь основание каменного фундамента. Мощи преподобного Арсения, скрытые под полом храма, остались лежать нетронутыми.

Возвращение острова (1718)

В ходе Северной войны между Швецией и Россией в 1709 году Пётр I наносит сокрушительное поражение шведским войскам под Полтавой. Но еще до Полтавской битвы русские войска бьются за земли в устье реки Невы и возвращают России крепости Орешек и Иван-город. В 1710 году русские войска занимают Выборг и Кексгольм (древнюю русскую крепость Корела), а также прибалтийские города Ригу и Ревель (Таллинн). В ходе военных действий Пётр возвращает некогда отошедшие к Швеции Карельские и Ладожские земли, а с ними — острова Коневец и Валаам. 

24 марта 1716 года по указу Петра остров Коневец вместе с соседним Пюгаярвским погостом отдан во владение князю Якову Федоровичу Долгорукому. По ходатайству архимандрита Деревяницкого монастыря Иоанникия и с согласия князя Долгорукого 6 мая 1718 года высочайшим указом, с согласия князя Долгорукого, остров Коневец приписывается к Деревяницкому монастырю для устроения на нём обители. Таким образом, после почти 100-летнего запустения монастырь вновь возвращается на о.Коневец. С этого времени начинается продолжительный — до начала XX века — период возрождения и расцвета Коневского монастыря.

Восстановление монастыря в XVIII веке

Для восстановления обители на остров Коневец прибывает иеромонах Тихон с немногочисленной братией. По прибытии они находят монастырь в полном запустении. Единственным уцелевшим зданием оказывается небольшая деревянная часовня, возведенная на месте храма Пресвятой Богородицы силами двух русских семей, поселившихся на острове. 

Уже на следующий год, в 1719 году, о.Тихон возводит деревянный храм во имя Святителя Николая. К сожалению, средств, которые выделяет на восстановление обители Деревяницкий монастырь, катастрофически не хватает, и потому дальнейшее возрождение монастыря идет крайне медленно. У монашеской братии едва хватает сил на поддержание скромного монастырского хозяйства. Впрочем, в царствование Петра I вся Русская Православная Церковь находится в трудном положении. 

В октябре 1700 года умирает патриарх Адриан. Не найдя достойного приемника на патриарший престол, Пётр решает повременить с выборами нового патриарха, возложив управление Церковью на «местоблюстителя патриаршего престола» — митрополита Стефана Яворского. Это решение впоследствии привело к ликвидации на Руси института патриаршества и к появлению Святейшего Синода — органа управления Церковью. С этого времени идут непрерывные перемены в строе русской церкви. Запрещается постригать в монашество без специального царского указа. В 1701 году учреждается Монастырский приказ, в ведении которого — перепись всех существующих монастырей и составление штата монашествующих. Число монахов отныне должно быть постоянным (новые могли теперь поступать в монастырь только на место убывших). Известна позиция самого Петра по отношению к монашеству. Император смотрел на монахов как на людей, которые «поядают чуждые труды» и от которых, кроме того, являются «забобоны, ереси и суеверия». После Петра политика государства в отношении церкви продолжала осуществляться в начатом им направлении. 

Окончательную точку в деле упразднения прежнего положения церкви в России поставил указ Екатерины II от 26 февраля 1764 года о секуляризации церковных земель. По нему все церковные и монастырские земли и владения переходили в ведение государства. Монастыри были поделены на штаты. В соответствии со штатом, каждому монастырю полагалось ежегодное денежное содержание с прибавкой известного количества земель и разных угодий и определенное число монашеской братии. По штатам 1764 г. из 953 русских монастырей закрыто 568, т.е. более половины. Оставлено было только 224 в штате и 161 за штатом, на собственном содержании. Число монашествующих тоже уменьшилось: в 1762 г. всех монашествующих было 12 444, по штатам 1764 г. положено было только 5105. 

Еще до этих событий, в 1760 году, по ходатайству иеромонаха Игнатия распоряжением императрицы Елизаветы Петровны Коневскому монастырю даруется самостоятельность от Деревяницкого монастыря. Теперь же, при Екатерине II, Коневский монастырь был отчислен от Новгородской епархии и причислен к Санкт-Петербургской, он стал заштатным и должен был содержать себя сам. Число монашеской братии вместе с настоятелем определено было всего в 7 человек.

Расцвет Коневского монастыря

К концу XVIII — началу XIX века положение Коневского монастыря постепенно улучшается. 

Императоры Павел и Александр I относились к монашеству благосклоннее Екатерины. Первый увеличил денежное содержание монастырей вдвое. Император же Александр I испытывал перед монашеской жизнью благоговение и редко отказывал монастырям в просьбах и пособиях; при нем многие обители успели поправить свое положение и отстроиться почти заново. 

В 1797 году указом императора Павла Коневскому монастырю назначается денежное содержание 300 рублей в год ассигнациями, позднее увеличенное до 460 рублей 50 копеек серебром. В 1816 году император Александр I разрешает увеличить число монашествующих в Коневском монастыре на 6 иноков, оставив, впрочем, монастырь по-прежнему вне штата. В 1825 году пришёл указ о возведении Коневского монастыря в штатный 3-го класса, с назначением в него игуменов, с числом монашествующих 21 человек и ежегодным содержанием 1609 рублей. 

Возрождению Коневской обители в немалой степени способствовал митрополит Новгородский и Санкт-Петербургский Гавриил (Петров). В 1790 году стараниями митрополита Гавриила наместником Коневского монастыря поставлен о.Адриан (Блинский). При о.Адриане Коневский монастырь становится известным в России местом процветания старчества. Отец Зосима (Верховский), подвизавшийся в окрестностях Змеиной горы, — наиболее вероятный прототип старца Зосимы из романа Ф. М. Достоевского «Братья Карамазовы». Неподалеку от него уединенно жил и старец Василиск, закончивший свои дни в Туринском Николаевском монастыре. Иеромонах Сильвестр, имевший дарование архитектора, позже капитально переработает присланный из столицы план нового собора во имя Рождества Богородицы. 

В 1794 году два коневских инока — иеромонах Макарий и иеродиакон Стефан — участвовали в Американской (Аляскинской) миссии; благочинный Американской миссии архимандрит Гедеон впоследствии жил на покое в Коневском монастыре. 

При о.Адриане на Коневце была учреждена еще одна форма иноческой жизни — скитская. По благословению митрополита Гавриила в километре от монастыря, на Святой горе, о.Адриан устраивает скит во имя Казанской иконы Божией Матери. За два года, с 1794 по 1796 годы, сооружаются каменный храм и келейные корпуса. 

3 сентября 1799 года, при настоятеле Варфоломее, из Деревяницкого монастыря на Коневец возвращается чудотворный образ Коневской Божией Матери, находившийся по завоевании Коневца шведами вдали от острова в течение 189 лет. Братия монастыря радостно встретила долгожданную святыню колокольным звоном и крестным ходом. 

С 1807 года должность строителя Коневского монастыря занимает о.Иларион. При о.Иларионе полностью закончено начатое ещё о.Варфоломеем возведение каменного собора Рождества Пресвятой Богородицы (1809), построена колокольня (1812), завершены здания монастырского каре, построены каменный храм Николая Чудотворца в юго-восточной башне монастырского каре (1812-1815) и каменная часовня Святителя Николая у причала (1815). 

Отец Иларион составил общежительный устав монастыря, ставший образцовым для многих русских обителей, и службы Преподобным Арсению Коневскому, Сергию и Герману Валаамским. 

В 1823 году о.Иларион был произведен в сан архимандрита и назначен настоятелем Тихвинского монастыря. 

При игумене Никоне (Кепишеве, 1825-1830) в нижнем Сретенском храме освящен придел во имя Коневской иконы Божией Матери (1830); верхний храм в 1830-е годы был расписан в академической манере, возможно, монастырскими художниками. 

В Коневском монастыре в разное время бывали писатели Н.С. Лесков (Коневцу посвящен его очерк «Монашеские острова на Ладожском озере», 1873), Вас. И. Немирович-Данченко и И.С. Шмелев, А. Дюма, поэт Ф.И. Тютчев, архитектор А.М. Горностаев (надстраивал настоятельский корпус и составил первоначальный проект расширения собора), Д.И. Менделеев. Неоднократно в монастыре молился благочинный монастырей Санкт-Петербургской епархии архимандрит Игнатий (Брянчанинов) (1807—1867), известный духовный писатель и подвижник. В 1849 году он освящал храм во имя Преподобного Арсения Коневского в северо-восточной части монастырского каре. 

К 1869 году число монашеской братии на острове составляло 124 человека, богомольцев и тружеников — 60 человек, до 40 человек наёмных рабочих.

Основание подворья Коневского монастыря в Петербурге

В 1799 году по пути из Новгорода на Коневец о.Варфоломей на два месяца задерживается с чудесной иконой Коневской Божией Матери в Петербурге, пока для иконы изготавливалась новая позолоченная серебряная риза. За время пребывания в Петербурге от иконы совершилось множество чудесных явлений и исцелений, что вызвало у петербужцев желание оставить чудотворный образ в столице. О.Варфоломей заказал список с иконы и стал искать место для подворья, где мог бы он мог находиться. 

В 1821 году купцы Иван Козулин и Николай Кувшинников пожертвовали два участка земли на Загородном проспекте для устройства подворья. 8 сентября 1821 года настоятель Коневского монастыря о.Иларион заложил фундамент под часовню. 

Подворье пользовалось почитанием в народе, многие петербуржцы предпочитали посещать строгие монашеские службы. Бывал здесь и Ф.М. Достоевский. 

Список иконы прославился многими чудесами, среди которых — спасение Гостиного Двора от страшного пожара 1862 г. Огонь от Апраксина двора перекинулся через Фонтанку и дошел до Загородного проспекта; все иконы были вынесены с подворья во Владимирский собор. 

Купцы Гостиного Двора, опасаясь разорения от огня, умолили духовенство совершить крестный ход с образом Коневской иконы Божией Матери вокруг их торговых рядов. Внезапно ветер переменился, и огонь стал стихать. Склады в Гостином Дворе были спасены. В память об этом по проекту архитектора Ивана Слупского купцы отстроили новое каменное здание подворья с флигелем во дворе.

Жизнь Коневского монастыря до революции

По традиции каждый, кто прибывал в Коневский монастырь, мог три дня пользоваться гостеприимством обители, а затем должен был выбирать — уезжать или оставаться навсегда. Новому насельнику монастыря выдавали послушническую и рабочую одежду, а также постельное белье. Раз в месяц у эконома можно было получить самовар, маленький чайник, килограмм сахара, двести граммов чая, пятилитровую керосиновую лампу, литр керосина и кусок мыла. Кроме этого поступающий получал два ведра для воды и ушат. Каждый заботился о своей комнате сам, общие помещения убирали по очереди. 

Послушники помещались в здании монастырского каре, ближе других расположенном к деревянной гостинице. По другую сторону собора, в западной части каре, жили монахи. Поступающих в монастырь принимал сам игумен, он же благословлял иноков на послушание. 

Игумен жил на втором этаже в корпусе справа от монастырских ворот. Здесь у него была приемная и личная келья. Рядом находились покои архиепископа, две царские гостиные, другие помещения. Окна выходили в собственный игуменский сад, окруженный стенами. Здесь росли яблони, сливы и ягодные кусты.

Иноки жили в кельях площадью около десяти квадратных метров, обстановка состояла из стола и кровати, матрацем служило сложенное вдвое толстое байковое одеяло. Кроме того, каждому полагались простыни, одеяло и подушка. В красном углу под иконами стоял аналой, около двери имелась вешалка. Да еще один или два стула — вот и вся мебель. 

Работа в монастыре начиналась в шесть часов утра, продолжалась до девяти сорока — в мастерских, летом на поле, зимой в лесу. Через каждый час полагался десятиминутный отдых. В половину одиннадцатого обедали, с полудня до пяти вечера снова трудились. Затем в храме служили часы, в полшестого ужинали, оставшийся вечер был свободным. В девять вечера полагалось гасить свет, и в монастыре воцарялась тишина. Дисциплину и порядок в обители поддерживал благочинный.

Служба в церкви начиналась уже в четыре часа утра, но работающие освобождались от ежедневного участия в богослужениях. Только по воскресеньям и праздничным дням Всенощные бдения и Литургии были для всех обязательны.

Трапеза в монастыре полагалась дважды в день. На обед обычно готовили салат, суп и кашу. Суп мог быть грибной, иногда варили щи или уху. В постные дни, в том числе в понедельник, рыба не допускалась, ели только крупяные блюда, овощи и грибы. В скоромные дни каждый получал по 0,5 литра молока, неотжатый творог с простоквашей или домашний сыр. На ужин разогревали то, что оставалось с утра. 

В трапезной ели с оловянных тарелок тяжёлым оловянными ложками, других приборов не было. Для супа у каждого была своя тарелка, для второго полагалась общая на четверых тарелка, над которой старший из вкушающих делал своей ложкой крестное знамение. На четверых ставился и один кувшин кваса, из которого пили общим черпаком. К чаю каждому полагался ломоть черного хлеба, масло употреблялось только с кашей. 

Игумен, как правило, обедал с братией только по воскресным дням и по праздникам. За трапезой он сидел во главе стола, рядом с ним — наместник, старшая братия, иеромонахи, иеродиаконы, далее монахи, рясофорные монахи, послушники и рабочие. Посреди трапезной ставился аналой для чтеца, читавшего на протяжении всей трапезы жития святых. Он умолкал лишь ненадолго, когда игумен звонил в колокольчик и переменялось блюдо. Во время вечерней трапезы чтения не полагалось.

Особый монах, живший в келье рядом с колокольней, заботился о подъеме братии. Он также открывал по утрам монастырские ворота, топил печи в храме, звонил в колокола и выполнял обязанности дворника. Обычно он вставал в три часа утра, вешал на шею колокольчик и брал в руки деревянное било. Сперва будил игумена, затем священника, который в этот день должен был служить в храме, следом — всех остальных. В девять вечера ударял в колокол девять раз и закрывал Святые Врата. После этого запрещалось кипятить чай в кельях и ходить по монастырю.

Зимняя война (1939—1940)

В 1920 году в Тартуском соглашении между СССР и Финляндией была определена советско-финская граница, которая составила 1400 км (1/3 всей северо-западной границы Советского Союза) и прошла вблизи важных политических и экономических центров и коммуникаций СССР. Так, Ленинград находился лишь в 32 километрах от границы. 

С середины 30-х годов общая военно-политическая обстановка в Европе усложнилась. Фашистская Германия и СССР начали искать пути для сближения, в основе которых легла общность экстремистских интересов двух государств. 

23 августа 1939 года СССР и Германия подписали договор о сотрудничестве, вошедший в историю под названием пакта Молотова-Рибентроппа по фамилиям двух министров иностранных дел, подписавших этот документ от имени политических руководителей двух государств (Гитлера и Сталина). Договором предусматривалась широкая программа экономического и политического сотрудничества. В СССР Гитлер стал называться основным другом и союзником. Пакт имел также секретную часть, которая разделяла сферы территориального влияния двух государств в Европе и фактически описывала те страны и регионы, которые должны были отойти к СССР и Германии после начала обоими государствами совместных военных действий. В соответствии с секретным протоколом к СССР отходили часть Польши, вся Прибалтика, часть Румынии и Финляндия. 

В соответствии с этими договоренностями Германия и СССР в сентябре 1939 года осуществили захват Польши. 1 сентября с запада в Польшу вошли немецкие войска, а 17 сентября с востока части Красной Армии. Позже Советский Союз захватил Прибалтику и Бессарабию, вошедшие в состав советского государства четырьмя новыми республиками — Эстонской, Латвийской, Литовской и Молдавской ССР. 

Агрессивная позиция Советского Союза не могла не беспокоить Финляндию. 

К этому времени на военные приготовления финское правительство расходовало около 25% годового бюджета. Быстрыми темпами на территории страны велось строительство дорожной сети, военно-морских баз, аэродромов. На Карельском перешейке Финляндия заканчивала строительство укреплений, получивших название линии Маннергейма. Она протянулась от Финского залива до Ладожского озера и имела три полосы общей глубиной до 90 километров. С 7 по 13 августа 1939 года на Карельском перешейке были проведены крупнейшие в истории Финляндии маневры. 

По мнению некоторых историков, Сталин имел в планах не только возвращение Карельского перешейка и Приладожской Карелии, но также и завоевание всей территории Финляндии и, в дальнейшем, её насильственную «советизацию» по прибалтийскому образцу. 

С апреля 1938 г. между СССР и Финляндией велись переговоры о северо-западных границах СССР. Последние переговоры начались 12 октября 1939 г. Советское правительство внесло предложение: перенести советско-финскую границу на несколько десятков километров к северу от Ленинграда, установив ее по линии Койвисто-Тайпале (берег Ладожского озера), сдать в долгосрочную аренду порт Ханко в северо-западной части Финского залива и некоторые острова, расположенные перед южным побережьем Финляндии, передать Советскому Союзу западную часть полуостровов Рыбачий и Средний на побережье Северного Ледовитого океана. Взамен территории, которая отошла бы к СССР (2761 кв. км) Советский Союз соглашался уступить Финляндии вдвое большую территорию на советско-финской восточной границе (5529 кв. км). Кроме того, СССР предложил усилить гарантии, содержавшиеся в советско-финском договоре о ненападении, заключенном в 1932 г. Финляндии такие условия были невыгодны, так как Карельский перешеек представлял собой хорошо освоенную территорию, с самым тёплым климатом на территории Финляндии, а предлагаемая территория в Карелии была практически безлюдной, с гораздо более суровым климатом. 

13 ноября переговоры были прерваны. 28 ноября Советский Союз заявил о прекращении договора о ненападении и отзыве своих дипломатов из Финляндии. Войска Ленинградского военного округа получили приказ путем боевых действий отодвинуть границу на Карельском перешейке. 30 ноября 1939 года части Красной Армии перешли границу Финляндии. Советская авиация совершила массированную бомбардировку городов Хельсинки и Турку результатом которых стали многочисленные жертвы среди мирного населения. Так началась советско-финская война, вошедшая в историю как Зимняя война. 

Коневский монастырь обороняли воинские части, находившиеся на острове, да ещё батарея на материке. В 1939 году призванные из запаса солдаты прибыли на Коневец, всем женщинам и детям было приказано покинуть остров. В то же самое время игумен Маврикий получил распоряжение Церковного правления подготовить к эвакуации наиболее ценную часть церковной утвари. Братия сколачивала большие деревянные ящики, обшивала их и упаковывала иконы с ризами, облачения и священные сосуды. Паковали только утварь со склада, из ризницы, а также из музея; храмы же оставляли нетронутыми. За месяц до начала боевых действий всё было упаковано. Заполненные ящики на моторной лодке перевозили в Кякисалми (Приозерск), где они хранились в православном храме до начала Зимней войны, а затем были перевезены в Куопио. 

В течение всей войны монахи оставались на острове, во время сильных бомбёжек собирались в храме на молитву. По молитвам и заступничеству преподобного Арсения за всю войну никто не был даже ранен. Постройки монастыря остались нетронутыми. Сгорел только домик садовника у Святой горы. 

Финнам, несмотря на огромный перевес сил на стороне СССР, удалось оказать отчаянное сопротивление Красной Армии. СССР не помог даже многократный перевес над Финляндией в технике и вооружении. Однако, финское руководство прекрасно понимало, что страна не сможет долго сдерживать Советский Союз и поэтому выступило с инициативой прекращения войны. 

Зимняя война закончилась 13 марта 1940 года подписанием мирного договора с Финляндией, по которому к Советскому Союзу отходил Карельский перешеек и часть территории Финляндии к северу от Ладожского озера, включая само Ладожское озеро и острова Коневец и Валаам. Выполняя приказ военных властей, монастырская братия (31 человек) загодя покинула остров. Перед уходом в храме был отслужен молебен перед Коневской иконой Божией Матери, затем иноки перевезли часть монастырской утвари на материк. Последним покидал обитель иеромонах Адриан с чудотворной иконой Богородицы в руках. 

После отъезда братии на острове ещё удалось побывать иеромонаху Иоанну с солдатами. В последний момент перед приходом Красной Армии он вывез кое-какую церковную утварь. В кельях осталось всё имущество, в библиотеке — книги, в храмах — полные иконостасы и колокола. Только колокола Казанского скита сняли и увезли. 

Всё, что осталось, было впоследствии разорено. На острове расположились военные части Советской армии.

Коневец в составе Финляндии (1918—1939)

Вследствие русской революции Финляндия обрела независимость, а Коневский монастырь вошёл в состав молодого государства. Новое положение монастыря не сразу сказалось на повседневной жизни обители. В 1918 году настоятель архимандрит Никандр, как и в прежние годы, испрашивал у епископа Выборгского Серафима благословения на пострижение в монашество десяти послушников. Ещё некоторое время обитель мирно существовала, надеясь на будущее. 

Россией слабели, исчезали надежды на то, что все вернется на круги своя. Уже зимой 1918 года монастырь остался без постоянного сообщения с материком. Монастырская летопись характеризует это положение, как «абсолютное разобщение с Россией». На территории монастыря разместился штаб 3-й батареи береговой артиллерии Финской армии. На мысе около Коневского скита расположилась южная батарея, а в северной части острова — северная. Приходилось привыкать к порядкам и правилам чужой страны. Некоторые монахи ходатайствовали о принятии нового гражданства. К 1932 году в монастыре осталось 75 монахов и послушников, из них 20 человек были гражданами Финляндии. Кроме игумена священный сан имели 19 иноков: 15 иеромонахов и 4 иеродиакона. Монастырь получал от военных небольшую арендную плату, кое-что зарабатывал поставками для армии дров и продовольствия. Для того чтобы закрепить и повысить доходы от аренды, игумен Маврикий основал недалеко от монастыря, рядом с бывшим кирпичным заводом, народную школу для детей военных. Теперь семьи офицеров штаба могли постоянно жить на Коневце. В школе было два класса, набиралось до 30 учеников. В основном братия содержала себя за счет земледелия. Монастырь имел 43 гектара пашни и 54 гектара естественных лугов. Сеяли рожь, овес, пшеницу, сажали картофель и капусту, заготовляли сено. Почва Коневца мало пригодна для земледелия, т.к. в ее составе слишком много глины и щебня. К тому же поля, очень каменистые, были разбросаны в разных концах острова, так что проведение мелиоративных работ требовало больших сил и средств.

За Казанским скитом находился огород. Здесь выращивали картофель, капусту, а также морковь и другие корнеплоды. К югу от скита на территории примерно в гектар раскинулся монастырский сад. Здесь росли яблони, сливы, груши, ягодные кусты. Был пчельник. 

Монастырь содержал 40 голов скота: 22 дойные коровы, 3 быка, а также телок и телят. Для хозяйственных нужд держали 17 лошадей. 

При игумене Маврикии ежегодно ремонтировали монастырские здания, меняли кровлю на крышах, известью белили стены. В конце 20-х годов полностью, внутри и снаружи, был отремонтирован главный монастырский собор. 

В 30-е годы монастырь стал интересовать финнов как объект паломничества и туризма. В основном в монастырь приезжали из Кякисалми (старое название Кекскгольма, ныне Приозерска), из Выборга и с Карельского перешейка. Посещали монастырь и группы школьников из ближайшей округи, члены различных культурных обществ, армейские офицеры. Бывали и почетные гости. Например, в монастыре побывал маршал Маннергейм, главнокомандующий вооруженными силами Финляндии, и беседовал с игуменом Маврикием, когда-то учившимся вместе с ним в Петербурге, в Никольском Кавалерийском училище. До прихода в монастырь о.Маврикий был связным в штабе у Маннергейма, в то время генерала царской армии.

Прибывающих размещали в скромном, имевшем всего 14 комнат, кирпичном здании, находившемся около пристани (главную гостиницу занимал армейский штаб). Добраться до острова можно было на небольшом моторном катере, имевшем на всякий случай и парус. На этом судне могли одновременно поместиться двадцать пассажиров. Роль экскурсоводов выполняли монахи и послушники, знавшие иностранные языки. 

На Коневце не было таких условий для приема гостей, как на Валааме. Бухта, в которой находилась пристань, была неглубокой, помещений для приезжих оказалось слишком мало, да и те не имели необходимых удобств, кроме того, не хватало кораблей. Поэтому количество посетителей ограничивалось двумя-тремя тысячами человек в год. Особенно много гостей собиралось в монастыре во время летних престольных праздников, когда совершались крестные ходы. Кроме самого монастыря приезжавшие могли осмотреть скиты, Казанский и Коневский, часовню на Конь-камне. В 1934 году в Никольском храме и соседнем с ним помещении устроили небольшой музей).

На лето приезжали семинаристы. В соответствии с уставом Сортавальской Духовной семинарии ученики старшего класса обязаны были проводить лето в монастыре. Большинство отправлялось на Валаам, но некоторые избирали Коневец. Здесь семинаристы исполняли всевозможные послушания, например, помогали в ремонте, работали в пекарне, пели в хоре. Осенью игумен выплачивал возвращающимся на учебу юношам небольшое вознаграждение. 

Ежедневные службы совершались в нижнем, Сретенском, храме собора. В верхнем, Рождество-Богородичном храме, служили только летом. Богослужение совершалось на церковно-славянском языке. По-фински служили лишь в исключительных случаях, когда в монастырь приезжали архиепископ, почетные гости или группы из финских приходов. 

Во всех других храмах богослужения совершались только по престольным праздникам. 12 июня служили в церкви преп. Арсения, 8 июля и 22 октября — в храме Казанского скита. В расположенной с южной стороны Казанского скита часовне, освященной в память явления Божией Матери старцу Иоакиму, служили 11 июня. В храме Коневского скита — 10 июля. В Никольском храме, а также в часовне около пристани служили 9 мая и 6 декабря. В деревянной часовне на Конь-камне, освященной в честь преп. Арсения Kоневского и Коневской иконы Божией Матери, служба совершалась 11 июня. 12 июня, в день памяти преп. Арсения, а также 10 июля, в день праздника чудотворной Коневской иконы Божией Матери, совершались крестные ходы. 

Так как большая часть братии была уже в преклонных летах, а новые иноки почти перестали поступать в монастырь, приходилось нанимать работников, на оплату которых уходила большая часть монастырских доходов. Братия старилась и постепенно убывала, а наёмных рабочих требовалось всё больше и больше (в 1936 году монастырь нанимал 15 человек на целый год, а во время сбора урожая число наёмных рабочих возрастало ещё на 20-40 человек). Если голод и безработица, разразившиеся в Финляндии в начале 30-х годов, вынуждал приходить в монастырь многих, не имеющих подлинного призвания к иноческой жизни (в те годы в монастыре жило более 60-ти послушников), то с наступлением лучших времен количество братии уменьшилось также резко, как прежде возросло. Получив работу на материке, молодые люди оставляли строгую иноческую жизнь и покидали Коневец. Перед Зимней войной (1939—1940) в монастыре оставалось уже только 10 послушников.

Революция 1917 года

Шестого марта 1917 года на острове узнали об отречении Николая II. Разрушение привычного уклада жизни, при котором покровительство монастырю со стороны российского монарха было важнейшим условием его благополучия, вызвало растерянность рядовых монахов и руководства монастыря. « . . . всех в монастыре охватило ощущение сиротства», — записал в своем дневнике валаамский иеромонах Иувиан (Красноперов). По распоряжению церковного начальства, обеспокоенного возможными репрессиями со стороны Временного правительства, из помещений убрали царские портреты, а в тексты богослужений внесли изменения: отныне возглашение царя и царствующего дома в храмах было прекращено.

Коневец в годы советской власти

На Коневце после окончания Великой Отечественной войны разместилась военно-морская база. На протяжении почти 50 лет остров оставался запретной зоной и служил для военных испытательным полигоном. Берег острова был огорожен колючей проволокой, в акватории острова был запрещён проход гражданских судов. В первые годы существования полигона здесь разрабатывались и испытывались образцы советского химического оружия, а также производились испытания ракет на твёрдом топливе. Полигон служил также местом испытания торпедного и морского минного оружия. За это время монастырь подвергся сильному разрушению. Собор Рождества Богородицы был превращён в склад, в помещении братской трапезной расположился клуб. В бывших монастырских кельях поселились семьи офицеров. Военные почти полностью разорили братское монастырское кладбище, превратив его сначала в автопарк, а затем в спортивную площадку. Внутреннее убранство храмов утрачено. 

Основные испытания проводились на полигоне в 50-е и 60-е годы. Тогда население острова составляло несколько сотен человек. Военные создали на острове развитую инфраструктуру, имели собственное хозяйство. Однако ближе к концу 80-х годов работы на острове стали постепенно сворачиваться, и полигон потерял своё прежнее значение. Бесхозные монастырские постройки были предоставлены разрушительному воздействию времени. В таком состоянии они предстали взору первых монахов, которые пришли на остров Коневец в 1991 году, когда монастырь был возвращён церкви.

Возвращение острова

В 1991 году остров Коневец и монастырские постройки были переданы государством Санкт-Петербургской епархии. В феврале 1991 года митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский назначил наместником и строителем монастыря архимандрита Назария (Лавриненко). 28 мая 1991 года о.Назарий впервые прибыл на Коневец. Спустя более пятидесяти лет после того, как Коневская братия, спасаясь от войны, покинула остров, новые молитвенники продолжили монашескую традицию.

В том же году были обретены мощи преподобного Арсения, чудесным образом сохранившиеся в подвале под полом храма. 

В 1993 году Русская Православная Церковь отпраздновала 600-летие обители. Коневский монастырь вновь живет, уповая на молитвы своего основателя, преподобного Арсения.