8 июля 1579 года 10-летняя девочка Матрона обрела икону на месте, указанном ей во сне. Рассказ об этом и о первых чудесах от иконы впервые составил очевидец событий священник Ермолай — будущий патриарх Гермоген († 1612), прославленный Церковью как священномученик. Обретение чудотворной иконы всего через 27 лет после взятия Казани русскими войсками было воспринято современниками как символическое событие огромного значения. В том же 1579 году, по государеву указу Ивана IV Грозного, на месте обретения был основан девичий Богородицкий монастырь. Первой монахиней в нём, по преданию, стала сама девочка Матрона, получившая после пострига имя Мавра (дальнейшая судьба её неизвестна).

Ополчение Минина и Пожарского в 1612 году взяло в поход на Москву Казанскую икону, по благословению местоблюстителя патриаршего престола (после мученической смерти Гермогена) казанского митрополита Ефрема.

Подлинник иконы после похода 1612 году был возвращён в Богородицкий монастырь Казани (в Москве, в Казанском соборе на Красной площади, был установлен лишь почитаемый список, хотя некоторые москвичи впоследствии были склонны принимать за подлинник именно его).

Приток паломников сделал Богородицкий монастырь известной святыней Среднего Поволжья.

По реформе Екатерины II (1764), поделившей все обители России на штаты (классы), он был причислен ко второму классу, а в 1809 году — к первому, самому высшему. Число монахинь и послушниц постепенно выросло от 100 с лишним в начале XIX века до 500 к моменту революции.

Архитектурный ансамбль

Территория монастыря занимала несколько гектаров. Его архитектурный ансамбль по размерам и роскоши не имел себе равных в Поволжье.

Главный собор, где и пребывала икона, был построен в стиле классицизма в 1798—1808 гг. (по проекту знаменитого русскогоархитектора И. Старова) на месте обветшавшего каменного собора 1590-х гг.

Его площадь составила 49 на 43 м, а высота — 44 м. Облик собора определяли 5 полусферических куполов и 3 огромныхфронтона с колоннами — со всех сторон, кроме алтаря.

Никольский храм к северу от него (1810—1816 гг.) и Крестовоздвиженский к югу (1882—1884 гг.) также были возведены в стиле классицизма, но имели по одному большому полусферическому куполу. 2 основных корпуса — Настоятельский и Никольский (1820-е — 1840-е гг.), составили собой гигантский полукруг, замкнувший классический ансамбль в единое целое.

В этот ансамбль XIX века вошли 2 более древних сооружения — 55-метровая колокольня, одна из самых высоких в Казани, и маленькая Софийская надвратная церковь (обе — середина XVII в.).

Монастырь после 1917 года

После закрытия в сентябре 1918 года Казанского Кремля и его храмов в монастырь были перенесены главные уцелевшие святыни Казанской епархии: мощи святых Гурия и Варсонофия Казанских.

Хотя монастырь был упразднён, в течение всех 1920-х годов действовала официально зарегистрированная православная община. В 1931 году общину перевели в Петропавловский собор, после чего большая часть ансамбля обители подверглась разрушению.

С 1942 году на территории бывшей обители размещалась табачная фабрика; западная часть разорённого ансамбля позже была застроена 5-этажными домами; в Крестовоздвиженском храме находился филфак Казанского педагогического института (ныне —университета).

Восстановление. Современная жизнь

В 1994 была возвращена верующим Софийская церковь, в 2004—2005 гг. возвращён и отреставрирован большой Крестовоздвиженский храм. 21 июля 2005 г. патриарх Всея Руси Алексий II передал Казанской епархии возвращённый Папой Римским так называемый Ватиканский список Казанской иконы Божьей Матери. Этот список был помещён именно в Крестовоздвиженском храме. По определению специалистов, он был написан в России в конце XVII или 1-й половине XVIII века (неизвестно точно, в каком монастыре он находился, за рубеж попал после революции). И по стилю, и по размерам он никак не может являться тем подлинником Казанской иконы, который был обретён в 1579 году. Подлинник бесследно исчез в 1904 году — он был похищен из собора Казанского монастыря вором Чайкиным. Злоумышленник был пойман, но заявил на следствии, что изрубил и сжёг икону в печи, так как ему была нужна лишь драгоценная риза.

Тем не менее, Ватиканский список почитается братией и прихожанами, ежедневно к нему приходит множество паломников со всей России и из-за рубежа.

Монастырь с 2005 года возрождается как мужской, хотя до революции был женским. Братия его пока насчитывает всего несколько человек. За последние годы с территории монастыря была полностью выведена находившаяся здесь в советское время табачная фабрика.