24 июня 1996 года в Ново-южном районе города Чебоксары — столицы Чувашской Республики Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II, при архиепископе Чебоксарском и Чувашском Варнаве, при президенте Чувашской Республики Федорове Н.В. были заложены первые кирпичи в основание будущего храма и освящен закладной камень, под который была помещена капсула с грамотой следующего содержания:

«Во имя Отца, и Сына, и Святого Духа, основася сия церковь в честь и память «Собора Новомучеников и Исповедников Российских» при святительстве Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, при архиепископе Чебоксарском и Чувашском Варнаве, при президенте Чувашской Республики Николае Васильевиче Федорове, лета 1996, месяца июня, 24 дня».

Это первый храм в Чувашии, который закладывается после революционных потрясений в честь Новомучеников Российских — тех, кто пострадал за веру.

9 декабря 1996 года началось строительства деревянного храма, который спустя три месяца начал принимать первых прихожан. Но это еще не тот величественный храм, который украшает собой ныне Новоюжный район.

1997 год — начато строительство основного кирпичного храма, состоящего из двух комплексов: на первом этаже вместительностью более 400 человек, и на втором – более 600 человек.

7 июля 2001 года Святейший Патриарх Алексий II совершает освящение храма в честь Новомучеников и Исповедников Российских, крестный ход с частицей мощей мучеников вокруг храма и первую Божественную литургию.

Строителю и настоятелю церкви, протоиерею Григорию Медведеву, был вручен орден Святого Благоверного князя Даниила Московского II степени.

24 октября 2001 года преставился ко Господу протоиерей Григорий Медведев и был похоронен за алтарем храма.

1 апреля 2004 года настоятелем храма в честь и память «Собора Новомучеников и Исповедников Российских» стал игумен Гурий (Данилов).

31 декабря 2005 года была установлена звонница с куполом, а также колокола на нее.

При храме организована Воскресная школа для детей и взрослых, есть библиотека.

23 июня 2010 года — настоятель храма Новомучеников и исповедников Российских игумен Гурий (Данилов) совершил Освящение Креста и купола на храм Новомучеников и Исповедников Российских в новоюжном районе г.Чебоксары.

Центральный купол (под пение тропаря Кресту) был установлен на храм, взамен устаревшего купола.

17 октября 2010 года Митрополит Варнава освятил учебные классы в новом здании Воскресной школы храма Новомучеников и исповедников Российских.

17 октября 2010 года в день памяти святителя Гурия Казанского митрополит Варнава благословил создание Церковно-исторического музея «Христианское просвещение чувашского народа» при храме Новомучеников и Исповедников Российских г.Чебоксары.

10 апреля 2011 года в Неделю 5-ую Великого Поста в день памяти преподобной Марии Египетской Высокопреосвященнейший Варнава, Митрополит Чебоксарский и Чувашский, на Малом входе по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла Владыка Митрополит возвел в архимандриты настоятеля храма игумена Гурия (Данилова) и в протодиаконы клирика храма диакона Сергия Гаврилова.

Весной 2011 года был поднят Крест на новый второй купол.

5 июля 2011 года состоялся чин освящения четырех крестов и водружение куполов на храм Новомучеников и исповедников Российских г.Чебоксары.

31 августа 2012 года митрополит Чебоксарский и Чувашский Варнава совершил освящение последних двух куполов на храм Новомучеников и Исповедников Российских г.Чебоксары. При совершения чина освящения Владыке сослужил настоятель храма, благочинный III округа, архимандрит Гурий (Данилов). По окончании освящения купола с ангелами были установлены.

24 апреля 2012 года состоялась первая экскурсия в Церковно — исторический музей «Христианское просвещение Чувашского края» в храме Новомучеников и Исповедников Российских.

30 октября 2013 года, на приходе храма Новомучеников и Исповедников Российских состоялось освящение и поднятие купола над молитвенной комнатой при Воскресной школе. Освящение совершил протоиерей Вячеслав Данилов.

1 января 2014 года православная библиотека храма Новомучеников и Исповедников Российских Чебоксарской и Чувашской митрополии вступает в год своего 15-летия.

3 августа 2014 года в нашем храме по окончании Божественной литургии настоятель прихода Новомучеников и Исповедников Российских архимандрит Гурий (Данилов) в сослужении протоиерея Кирилла Медведева и диакона Андрея Краева совершили чин освящения колоколов, которые были подняты наверх храма, с последующим устройством электронного звон.

Установка автоматизированной системы управления колоколами «Электронный звонарь» г.Чебоксары, Храм Новомучеников и Исповедников Российских, ноябрь 2014 год.

При Храме Новомучеников и Исповедников Российских открылась первая в Чебоксарах школа звонарей.