Храм был заложен 16 сентября 1898 года. Строительство церкви было связано с государственной программой по строительству Транссибирской магистрали. Храм был построен в 1900 году и представлял собой деревянное здание на каменном фундаменте. Храм имел крестообразную форму и был увенчан куполом и колокольнею.

Имел один престол во имя Усекновения Главы Иоанна Предтечи, освященный в июне 1900 года Преосвященнейшим Мефодием, епископом Забайкальским и Нерчинским.В1996 году в Иоанно-Предтеченском храме стали совершаться регулярные богослужения. Из хранилищ Свято-Воскресенского храма были переданы иконы ХIХ века, в частности иконы из иконостаса Кафедрального собора во имя святого благоверного Александра Невского, взорванного большевиками в 1936 году, и Казанского собора города Читы. В ночь с 24 на 25 октября 1997 года в Иоанно-Предтеченском храме чудесным образом обновилась Казанская икона Божией Матери.