Двухэтажный храм «иже под колоколы» (то есть с венчающим здание ярусом звона), построен в 1688 г. в стиле «московское барокко» боярином Б. Прозоровским (зодчий Яков Бухвостов). Нижний теплый храм освящен в 1688 г.в честь св. равноап. кн. Владимира, верхний храм – в 1704 г. в честь свв. блгг. кнн. Бориса и Глеба. Замысел прост и глубок: подвиг святых страстотерпцев князей Бориса и Глеба взращен (подготовлен) отцом их, святым равноапостольным князем Владимиром. Колокольня была пристроена в 1879 г.

Здание храма кирпичное, в плане крестообразное на арочном подклете.

С запада и с юга к храму примыкают лестничные сходы на арках. В XIX веке государственной комиссией храм причислен к памятникам архитектуры и упомянут как ценный памятник иконописи и внутреннего убранства. Подтверждением этому является и тот факт, что макет храма экспонируется в Центральном Археологическом кабинете при Московской духовной Академии в Троице-Сергиевой лавре.

В тяжкие для веры времена совершили подвиг исповедничества два последних священника храма: отец и сын Харьюзовы. 14 сентября 1937 года был арестован о.Александр Харьюзов (расстрелян 9.01.1938 г.). Несмотря на угрозы расправы на его место пришел его сын иерей Николай Харьюзов.

В ноябре власти арестовали его и приговорили к 10 годам ИТЛ. О.Николай пережил репрессии и скончался в 1963 году, будучи клириком Владимирской епархии.

Кажется знаменательным, что именно в эти страшные времена совершил свой подвиг священномученика иерей Алексий Сперанский (канонизирован Архирейским Собором Русской Православной Церкви в 2000 году), служивший в храме свв. Бориса и Глеба псаломщиком в 1902 — 1909 годах.

В конце тридцатых годов храм был закрыт и заброшен.

В 1940-1941 гг. здание оставалось без замков и охраны. Вследствие этого в храме были выломаны все деревянные части, начиная с древнего резного иконостаса и заканчивая оконными и дверными рамами. Была разрушена колокольня. Чудом сохранились Царские врата, несколько икон и резных колонн. Ныне они находятся в музее «Коломенское».

В дальнейшем храм использовался в качестве овощного хранилища, филиала завода драгметаллов с гальванической ванной, расположенной в алтаре нижнего храма, архива Минстанкопрома. Последний владелец перегородил купол храма двумя этажами перекрытий с маршевыми лестницами.

В 1960-е гг. проведена косметическая окраска фасада.

В мае 1989 года храм был возвращен верующим, а 28 июля 1989 года совершилась первая Божественная литургия.

В 1990 году было начато восстановление здания. Имена некоторых попечителей, внесших особый вклад в украшение храма, запечатлены на почетной доске у входа.

Престолы: верхнего храма – свв. блгг. кнн. Бориса и Глеба, свт. Николая (приставной); нижнего храма – св. равноап. кн. Владимира.