Богоявленский монастырь основан в конце XIV века женой Димитрия Донского – великой княгиней Евдокией, в иночестве Евфросиньей. Располагалась обитель в северо-западной части кремля.

В Богоявленском монастыре 20 ноября 1591 г. была пострижена в инокини царица Мария Федоровна Нагая, мать царевича Димитрия. В то время обитель была деревянной и имела два храма – Богоявленский и Смоленский.

В 1609 г. поляки сожгли монастырь, убив игуменью Анастасию и пять сестер. В 1629 г. при участии инокини Марфы, матери царя Михаила Федоровича, монастырь восстанавливается на прежнем месте. Великая старица жаловала возрожденной обители деньги, села, пустыни, мельницы.

В 1661 г. игуменья Пелагея обратилась с просьбой к царю Алексею Михайловичу о перенесении построек монастыря на пустопорожние земли, принадлежавшие Ростовскому Архиерейскому дому. Такое разрешение было получено. К 1670-м годам на новом месте уже стояли деревянные церкви во имя Богоявления Господня и во имя иконы Божией Матери, именуемой «Страстная».

От удара молнии 26 сентября 1677 г. сгорела деревянная церковь Богоявления. В 1689 г. митрополит Ростовский Иона Сысоевич выдал грамоту на строительство нового, каменного храма. В 1700 г. бригадой строителей из местных посадских людей возведена пятиглавая церковь во имя Богоявления Господня – на подклете, с трапезной и колокольней (сломана в 1834 г.). Главный престол был освящен во имя Богоявления Господня; придельный – во имя Смоленской иконы Божией Матери. В подклете храма было освящено еще два престола – во имя славных и всехвальных апостолов Иоанна Богослова и Андрея Первозванного; а в 1775 г. – во имя Иоанна Милостивого и святителя Димитрия, митрополита Ростовского.

В 1846 г. нижние престолы храма были упразднены и подклетные помещения заняты больницей.

В 1853 г., в связи с освящением нового Богоявленского собора, церковь Богоявления упразднена. В 1854 г. она переосвящена во имя Смоленской иконы Божией Матери.

Смоленский же придел бывшей Богоявленской церкви переустроен на средства угличского почетного гражданина Ивана Аркадьевича Зимина и освящен во имя Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня. В нем место храмовой иконы занял крест с частицей мощей более шестидесяти святых, в том числе и князя Димитрия. Был поновлен и интерьер основного храма – его стены и своды расписаны сценами с изображением чудес Смоленской Богоматери. Старый пятиярусный иконостас заменен новым, трехъярусным. С севера к паперти-галерее пристроено крыльцо.

Особенно почиталась икона «Благовещение», написанная в 1696 г. известным царским изографом И.М. Бобылевым. Эта святыня была подарена храму старцем Пахомием – казначеем Троице-Сергиевой Лавры.

В память Федоровской иконы Божией Матери, подаренной монастырю матерью царя Михаила Федоровича Романова – инокиней Марфой, 21 мая 1805 г. была заложена одноименная каменная пятиглавая однопрестольная церковь.

Строительство храма завершилось в 1818 г. В этом же году церковь была освящена. В 1822-1824 гг. Тимофеем Медведевым расписан интерьер храма. Тогда же установлен иконостас в виде венца, поддерживаемого четырьмя колоннами.

В 1826-1837 гг. с запада пристроена небольшая паперть и возвышающаяся над ней ярусная колокольня (разобрана в 50-е годы того же века), в нижнем ярусе которого размещалась библиотека.

В 1862 г. храм поновлен, вместо старого иконостаса установлен новый, пятиярусный, стены расписаны изображениями чудес от Федоровской иконы Божией Матери. Живописные работы выполнены ярославским мещанином Егором Дьяконовым.

​В 1890 г. на заводе купца Оловянишникова заказан колокол в 500 пудов. Он был восьмым по счету, и самым большим.

Строительство нового Богоявленского каменного собора по проекту К.Н. Тона началось 19 октября 1843 г. на земле, купленной монастырем у купца Г.В.Буторина. В октябре 1853 года состоялось освящение трех его престолов: во имя богоявления Господня; во имя Толгской иконы Божией Матери; во имя святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских чудотворца и Иоанна Милостивого.

В 1870-е годы Д.Г. Буренин с сыном Павлом выполнил настенную роспись. В 1881 г. храм был частично отремонтирован, а в 1904-1906 гг. произведен капитальный ремонт.

В подклете под алтарем Толгского престола была устроена часовня для хранения особо чтимой святыни храма – иконы «Недремлющее око».

В Богоявленском соборе особенно почитались: список с чудотворного Толгского образа, пожертвованный обители в 1852 г. московской купчихой Татьяной Степановной Будыниной; икона Николая Чудотворца, подаренная в том же году петербургским купцом Матвеем Тимофеевичем Бриховым; гробница с частичками мощей Иоанна Милостивого, пожертвованная в 1845 г. помещиком Московской губернии Гаврилом Павловичем Головиным.

В 1887 г. в одной из башен монастырской ограды освящена однопрестольная церковь во имя иконы Божией Матери, именуемой «Достойно есть», устроенная на средства благодетелей.

Богоявленский монастырь закрыт в 1930-е годы. В советское период его храмы использовались под складские помещения.

В 1970-1980-е годы в Смоленской и Федоровской церквах проведена реставрация под руководством архитектора С.Е. Новикова. В 1976 г. Смоленский храм передан Угличскому историческо-художественному музею, в 1992 г. – Федоровский. В 2000 г. Богоявленский собор передан Русской Православной Церкви. в октябре 2010 года монастырь открыт вновь, начинается восстановление утраченной святыни.

В 1970-1980-е годы в Смоленской и Федоровской церквах проведена реставрация под руководством архитектора С.Е. Новикова. в 1976 г. Смоленский храм передан Угличскому историческо-художественному музею, в 1992 г. – Федоровский. В 2000 г. Богоявленский собор передан Русской Православной Церкви.

Осенним СИНОДОМ 2010 года по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла, вновь после более, чем 92-годичного забвения обитель возродила свою жизнь. Назначена настоятельница монахиня Антонина (Злотникова). Началось восстановление утраченной святыни.