Мужской монастырь - Богородице-Сергиева пустынь - исторически является приемником женской монашеской обители Царевококшайска (Йошкар-Олы) - Богородице-Сергиевского нештатного общежительного монастыря, основанного в 1886 г. сначала под именем богадельни, а в 1888 году переименован в женский черемисский монастырь.

Мужской монастырь - Богородице-Сергиева пустынь в Килемарском районе республики  решением Святейшего Патриарха и Священного Синода был открыт в 1999 году.   

А в августе 1998 года в жизни Марийской епархии произошло важное событие – впервые с 1928 состоялся крестный ход. Из Вознесенского собора г.Йошкар-Олы  во вновь отстроенную обитель была принесена уцелевшая после разорения Царевококшайского Богородице-Сергиевского женского монастыря  чудотворная икона Явления Пресвятой Бо­городицы прп. Сергию Радонежскому, ставшая главной святыней монастыря.

В обители хранятся чудотворные образы Владимирской Божией Матери, Усекновения главы Иоанна Предтечи, Иверской иконы Божией Матери (на­писана на Афоне в 1905 году). В 2003 году в обитель были привезены  мощи святителя Нектария Эгинского. Промыслом Божиим в Пустынь притекают многие святыни, в том числе - частица мощей Преподобного Сергия  и более 100 частиц мощей из многих святых мест ми­ра, поклониться которым приезжают паломники из разных концов Республики и других областей России.

Важное место среди послушания братии занимала издательская деятельность. Монастырь продолжает древнюю традицию, следуя которой святые обители Руси служили центрами просвещения. В пустыни не только готовят книги к печати, но и выполняют оригинальные переводы с греческого современных афонских подвижников. По благословению святогорцев проведена работа над переводом на греческий язык жития прп. Сергия, игумена Радонежского. Перевод был передан игумену Афонского Ватопедского монастыря для издания.

В 2014 году совершен чин Великого освящения основного Богородице-Сергиева храма и придела в честь Нектария Эгинского.