Бирский Свято-Троицкий женский монастырь был основан в виде женской общины в 1857 г. девицей Акулиной Самойловой (впоследствии — рясофорная монахиня Виталия). Указом Синода от 25.09.1878 г. Бирская община была преобразована в женский монастырь. Уже в начале следующего века монастырь становится одной из крупнейших и почитаемых в народе обителей не только Уфимской губернии, но и всего Уральского региона.
Но до сего дня многие аспекты истории монастыря остаются мало изученными. Причиной этого является практически полная утрата монастырского архива, который, по всей видимости, был уничтожен после закрытия обители в 1924 году. В связи с этим ценным источником по истории Бирского Свято-Троицкого монастыря является обнаруженный в Центральном государственном историческом архиве РБ писок насельниц монастыря, составленный во время всероссийской переписи населения, проводившейся весной-летом 1917 года. На Свято-Троицкий монастырь была заполнен одна карточка, в которую внесли имена и фамилии всех проживающих на тот момент в монастыре.
В 1917 году в обители находилось 116 монахинь и 208 послушниц. Кроме того, при монастыре проживали: дети-беженцы, солдатские дети, ученицы монастырской школы, нахлебницы (всего 49 человек), две учительницы монастырской школы и 10 работников-военнопленных. На сегодняшний день это единственный полный список монахинь и послушиц за всю историю его существования, составленный в последний год мирной жизни обители. Далее революция, гражданская война, официальное закрытие монастыря в 1919 году, недолгое существование в вид сельхозартели и окончательное закрытие в 1924 году. Несмотря на это монастырская община во главе с настоятельницей игуменьей Феофанией не распалась. Инокини, оставшиеся верными монашескому обету, приютившиеся в городе вошли в состав Бирской Спасской староцерковнической общины, богослужения которой совершались в молитвенном доме. В 1930-х гг. многие из них были репрессированы, отсидели в лагерях по 8-10 лет. В 1945 г. власти дали разрешение на открытие Бирского Михайло-Архангельского храма, самыми деятельными участницами его возрождения стали оставшиеся в городе монахини. Последние монахини жили в Бирске и работали при церкви до 1970 начала 80-х годов.
26 апреля 2013 года произошло историческое событие — после вечернего богослужения в Михайло-Архангельском храме города Бирска Преосвященнейший епископ Нефтекамский и Бирский Амвросий, совершил монашеский постриг двух сестер с наречением имен Феофания и Виталия.
В своей проповеди Владыка Амвросий отметил:"Сегодняшним монашеским постригом при Михайло-Архангельском храме возобновляется монашеская жизнь Свято-Троицкого женского монастыря, закрытого во времена лихолетья прошлого столетия. И что не случайно был приурочен этот монашеский постриг в канун Лазаревой субботы. Потому как Лазарь был воскрешен из мертвых, так и сегодня заново рождается и возобновляется Свято-Троицкий женский монастырь, который с Божьей помощью будет воссоздаваться на новом месте. А названы были новопостриженные монахини именами Виталией и Феофанией, в память первой настоятельницы монастыря игуменьи Виталии, и последней при закрытии игуменьи Феофании, тем самым сохраняя связь времен".
25-26 декабря 2013 года в Синодальном зале официальной Патриаршей и Синодальной резиденции в Даниловом монастыре в Москве под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла состоялось последнее в этом году заседание Священного Синода Русской Православной Церкви.
По ходатайству Преосвященнейшего Амвросия епископа Нефтекамского и Бирского, решением Священного Синода Русской Православной Церкви от 25-26 декабря 2013 года, в г.Бирске открыт Свято-Троицкий женский монастырь и назначена игуменьей монахиня Филарета (Гаврюшенко):"В связи с прошением Преосвященного епископа Нефтекамского и Бирского Амвросия открыть Бирский Свято-Троицкий женский монастырь и назначить на должность игумении этого монастыря монахиню Филарету (Гаврюшенко)». Журнал № 164. Журналы заседания Священного Синода от 25-26 декабря 2013 года."
3 января 2013 года Преосвященнейший Амвросий, епископ Нефтекамский и Бирский, возглавил праздничные торжества в Свято-Троицком женском монастыре г. Бирска. За малым входом Литургии по благословению Святейшего патриарха Московского и всея Руси Кирилла, епископ Нефтекамский и Бирский Амвросий по прочтении положенных молитв, возвел монахиню Филарету (Гаврюшенко) в игуменьи Свято-Троицкого женского монастыря.Также Владыка Амвросий возложил на игуменью Филарету игуменский крест, а поставляя игуменью Филарету на игуменскую стасидию — вручил ей игуменский жезл, который обозначаетсимвол духовной власти.
