В монастыре издавна особенно почиталась воронежцами икона Божией Матери «Живоносный Источник». На ней Божия Матерь с Предвечным Младенцем на руках изображена как бы исходящей из источника воды, имеющего вид купели или большой чаши. После возрождения обители и возобновления богослужений в храме сюда стали поступать пожертвования, в том числе иконы из приходских храмов Воронежской епархии и от частных лиц.

О неоскудевающей милости Божией свидетельствуют чудесные явления от них, очевидцами которых были сестры и многие прихожане обители. Первое такое проявление Божественного снисхождения было связано с иконой «Живоносный Источник», ставшей главной святыней возрожденной обители. Образ этот в 1991 году был передан монастырю из Покровского кафедрального собора. Неизвестный иконописец сумел передать в лике Пресвятой Девы дивное выражение кротости и неземной любви. С недетской мудростью смотрит на нас с иконы Предвечный Младенец. Окружающее их золотое сияние и облако, закрывающее край чаши, создают впечатление отверстых небес.

Вечером 7 сентября 1992 года, накануне праздника Сретения Владимирской иконы Пресвятой Богородицы, образ начал мироточить, и с тех пор это чудо Божие повторялось многократно. Чаще всего струйки мира стекают с жезла в руке Владычицы и со свитка, который держит Богомладенец.

С 1997 года не раз источала миро икона великомученика и целителя Пантелеимона, тоже афонского письма, подаренная обители Митрополитом Воронежским и Липецким Мефодием. Икона эта особенно почитается прихожанами, известны случаи исцелений от сего святого образа.

В 1997 году сестры и прихожане обители были свидетелями чудесного обновления иконы святителя Питирима Тамбовского. Образ этот, написанный предположительно в 10-е годы XX века, был передан в Алексиево-Акатов монастырь в день его открытия из сельского приходского храма. Со временем от неправильного хранения лик святителя Питирима сильно потемнел, краски поблекли, вся икона стала серой, бесцветной, закопченной; с трудом прочитывалась надпись на ней. И вот Господь явил через эту икону Свою благодатную силу. Вечером, по окончании богослужения, сестры и прихожане обители заметили, что лик святителя Питирима посветлел, фон из темно-серого сделался голубым, на нем золотыми буквами выписалось имя святого, все цвета стали яркими и сочными. Создалось впечатление, что с иконы спала темная пелена, скрывавшая свет и чистоту образа. На следующий день за Божественной литургией икона святителя Питирима Тамбовского стала источать миро. Из благословляющей десницы потекли прозрачные масляные струйки, свидетельствуя о незримом присутствии и молитвенном предстательстве святого, который, как известно, во время земной жизни находился в духовной дружбе со святителем Митрофаном Воронежским.

Икона святителей Митрофана Воронежского и Тихона Задонского была передана обители также из сельского приходского храма. Начиная с 1997 года образ неоднократно мироточил, и многие замечали, что краски на нем значительно посветлели. После реставрации в июле 2002 года икона вновь начала источать миро. Три прозрачные струйки истекли от панагии святителя Тихона и от жезла в руке святителя Митрофана.

Одно из чудесных явлений связано с образом Божией Матери «В скорбех и печалех Утешение». Сама икона является списком с древней чудотворной иконы, которая, как известно, долгое время находилась на Афоне, в Русском Андреевском скиту. Внизу иконы – тропарь и кондак образу и надпись: «Сия икона написана и освящена на святой Афонской Горе в Русской обители святого Иоанна Златоустого при настоятеле иеросхимонахе Кирилле 1905 года». В 1999 году, вскоре по возвращении иконы в храм после реставрации, сестры заметили капельки мира на одеждах одного из святых. В один из июньских дней того же года сестры долго стояли перед образом в благоговейном трепете, глядя на скорбный лик Пречистой, от очей Которой до самого низа иконы стекали две прозрачные струйки, подобно слезам. Струйки эти не высыхали в течение двух дней. Впоследствии икона мироточила не раз, но в меньшей степени.

После 2000 года иконы вновь обильно мироточили. Несколько раз источала миро Касперовская икона Пресвятой Богородицы, особенно обильно – 27 февраля 2002 года, после вечернего правила. В тот раз девять масляных струек истекли от руки Пречистой, от свитка и главы Божественного Младенца. Некоторые из сестер явственно ощущали благоухание.
Все эти благодатные явления от святых икон Пресвятой Богородицы и святых угодников Божиих снова и снова дают нам почувствовать, что Царица Небесная не оставляет нас Своим материнским заступлением, не отнимает Своего Божественного покрова от монастыря и города, построившего когда-то эту обитель в благодарность за небесное покровительство, города, который вновь в покаянии возводит храмы, возвращаясь к духовной жизни.

В храме обители – иконы с частицами мощей cвященномученика Петра, преподобного Харитона Исповедника, ковчежец с частицами мощей святителей Воронежских Митрофана и Тихона и преподобных Кирилла и Марии Радонежских. В монастырской ризнице хранится пелена с гроба святителя Митрофана.

В 2004 году исполнилось 75 лет со дня кончины священномученика Петра (Зверева). Его служение связано с нашей землей – в 1926 году он возглавлял Воронежскую кафедру. Святитель принял мученическую кончину на Соловках в 1929 году. В 2000 году на Юбилейном Архиерейском Соборе был причислен к лику святых. 7 февраля в Алексиево-Акатов монастырь, в котором располагалась архиерейская кафедра и недалеко от которого жил архиепископ Петр, была принесена икона священномученика Петра (Зверева) с частицей его святых мощей. В своем архипастырском слове митрополит Сергий отметил: «Сегодня святитель Петр торжественно вошел в свою резиденцию – Алексиево-Акатов монастырь. И верим, что он будет помогать и в наших делах по управлению Воронежской епархией: отцам – в их приходском служении, сестрам обители – в их монашеском делании, всем верующим – в их служении Богу и ближним и стремлении ко спасению. На примере святителя Петра, – подчеркнул Владыка, – мы должны поучиться самому важному, что необходимо нам, – вере в Бога, стоянию в Истине даже до смерти, – и нигде не бояться исповедовать Христа и православную веру».